В воскресенье 31 мая 1925 г., в неделю памяти св. отцов первого Вселенского Собора, в ознаменование 1600-летия годовщины этого Собора во всех православных храмах Ленинграда по распоряжению Венедикта были отслужены молебны с прошениями об умиротворении церкви. Среди православных протоиереев Ленинграда нашлась группа сторонников примирения, которая в ходе переговоров с обновленцами 8 июля 1925 г. даже наметила пункты («положения») объединения. Венедикт вместе с другими ленинградскими епископами категорически отверг эти пункты и запретил участникам группы продолжать какие-либо переговоры с обновленцами. Стойкость и последовательность в отношении к обновленчеству стали одной из причин ареста Венедикта 16 декабря 1925 г. в ходе следствия по делу «нелегального совета епископов». Одновременно в Карелии шло расследование по делу «Противообновленческого катехизиса». Венедикт, находившийся в тюрьме в Ленинграде, на допросы в Карелию вызван быть не мог, но на основании показаний других обвиняемых и свидетелей он был признан виновным в том, что передал духовенству Петрозаводска «Противообновленческий катехизис», который использовался при чтении лекций в религиозно-нравственном кружке при кафедральном соборе. В «Катехизисе», по словам следователя, утверждалось, что «ГПУ отошло от своих обязанностей и занялось церковными делами, а карательные функции передало обновленцам». В вину архиерею ставилось также то, что он будто бы санкционировал «попытки некоторых представителей петрозаводского духовенства к расшифровыванию секретных сотрудников и конспиративных квартир ГПУ АКССР», с ведома Венедикта «некоторые тихоновцы предлагали свои услуги органам с провокационной целью». Венедикт был приговорён особым совещанием при Коллегии ОГПУ 29 апреля 1926 г. к трём годам ссылки в Сибирь. Отбывал срок в Нарымском крае (Томская область). В апреле 1929 г. освобождён, выехал в Нижний Новгород (по некоторым сведениям, до 1931 г. жил в Иркутске, затем переехал в Нижний Новгород). С 1931 г. временно управлял Вологодской епархией, именуясь епископом Кронштадтским. 4 апреля 1933 г. возведён в сан архиепископа, 16 июня назначен архиепископом Вологодским, 18 октября – архиепископом Новгородским и Старорусским, 5 сентября 1936 г. уволен на покой. 20 декабря того же года назначен архиепископом Казанским и Свияжским. Вскоре после отъезда Венедикта в Казань в Новгороде было арестовано несколько священнослужителей, один из них, сломленный во время следствия, показал, что входил в подпольную организацию, якобы созданную Венедиктом. На основании этих показаний Венедикт как «идейный вдохновитель и организатор контрреволюционной организации церковников, существовавшей в Ленобласти с 1932 г.» был арестован 28 февраля 1937 г. в Казани, препровождён в Ленинград. Расстрелян вместе с 13 священнослужителями и мирянами по приговору особой тройки при УНКВД СССР по Ленинградской области от 11 августа 1937 г.