В Томской епархии с 1922 г. большое распространение получило обновленчество, о чём Виктор сообщил в письме патриарху Тихону. Получив ответ патриарха: «Новшеств не допускайте, это дело Собора», – Виктор отстранил от богослужения настоятеля томской Преображенской церкви Макария Торопова. Другого деятеля обновленчества – настоятеля томской церкви Иоанна Лествичника священника Петра Блинова, подчинившегося требованиям епископа, – оставил на прежней должности, строго указав ему не допускать никаких отступлений от устава (впрочем, вскоре Пётр Блинов отпал в обновленчество и занял в расколе видное положение). В проповедях Виктор называл обновленцев сектой. Он стремился упорядочить жизнь епархии: преобразовал епархиальный совет в епархиальное управление, намеревался созвать епархиальный съезд, священнослужителям рекомендовал вести в церквах метрические записи (согласно циркуляру Народного комиссариата юстиции 1919 г., это не было запрещено), совершать разводы только в случае, если прилагалась выписка о расторжении брака из народного суда. При храмах преподавался Закон Божий, о чём был поставлен в известность губернский отдел народного образования. В марте 1922 г. в Томске началась кампания по изъятию церковных ценностей. Председатель местного трибунала Макаренко вызвал Виктора для беседы и рекомендовал архиерею разъяснить священнослужителям необходимость отдавать в помощь голодающим всё сколько-нибудь ценное, а также выступать с такого рода призывами на митингах. Стремясь к тому, чтобы изъятие прошло мирно и без попрания святынь, Виктор распорядился провести 13 марта епархиальное собрание духовенства, на котором протоиерей Иаков Галахов, настоятель кафедрального собора, бывший профессор богословия Томского университета и настоятель университетской церкви, прочитал опубликованное в «Известиях ВЦИК» заявление патриарха Тихона с призывом сдавать церковные ценности, не употребляемые за богослужением. На прошедшем на следующий день собрании благочинных Виктор сказал, что «изъятие ценностей не противоречит христианству», и предложил провести изъятие всех ценностей, которые не являются необходимыми при богослужении. 4 апреля в епархии прошли приходские собрания, на которых также обсуждалось предстоящее изъятие церковных ценностей. Несмотря на лояльную позицию Виктора по отношению к декрету об изъятии, в томской печати против него началась кампания. Газета «Красное знамя» опубликовала ряд материалов, в которых «разоблачалась» «контрреволюционность» Виктора. Изъятие церковных ценностей использовалось как повод для судебного преследования и уничтожения духовенства. После первого произведённого у него обыска Виктор в мае 1922 г. обратился с письмом к членам епархиального управления о преемстве церковной власти в Томской епархии. Он писал, что в случае его смерти «или ещё каких-либо обстоятельств» управление епархией должно перейти к Бийскому архиепископу Иннокентию (Соколову), второму Томскому викарию, и призывал «никого другого епископом не признавать». Однако после ареста Виктора церковная власть в Томске была захвачена группой обновленцев во главе с Петром Блиновым. Виктор был арестован 12 июля 1922 г., определён в томский дом заключения. 15–20 июля томский губернский революционный трибунал по военному отделению рассматривал «дело томских церковников» в открытом судебном заседании.