Абсолютно, Сам для Себя, без отношения к творению, Бог остаётся безличным, Он не есть ни Отец, ни Сын, ни Дух, но лишь покоящаяся вечность. Только в творении и через творение Он становится личностным, действующим, волящим и выступает в отношении к миру как Отец, Сын и Дух. Мир выступает как развёртывание, выражение, «экспрессия» Божества. Связь двух аспектов Бога осуществляется в человеке: в нём Бог познаёт Себя, становится личностью, мыслью и волей: «Подобно тому как творение получает свою сущность от Бога и пребывает в Боге, так же Бог получает волю в творении и через него, и Сам остаётся волей в разумном творении. Таким образом, Бог получает волю через временное». Человек как образ Божий есть откровение Бога Самому Себе: «Посему Бог видит и познаёт Сам Себя в Своём порождении и образе – в человеке, с человеком и через человека…» Отсюда следует спиритуалистически окрашенная христология Вейгеля: выступая против учения о внешнем предстательстве Спасителя за человека, он настаивает на том, что Христос рождается и пребывает в душе как её «Внутреннее Слово». Рождение Христа в человеческой душе есть одновременно новое рождение человека в Боге. Путь к этому рождению лежит через смерть «ветхого» человека, т.е. через умирание человека для самого себя, полное отрешение от своеволия и предание себя Богу. Спаситель явил совершенный пример такого самоотвержения и именно поэтому воскрес. Только достигаемая в личном благочестии отрешённость (Gelassenheit) делает возможным доступ к универсальному Божественному откровению, которое не может быть ограничено никакими догматическими или конфессиональными рамками. Опираясь на учение об отрешённости, Вейгель резко критикует лютеранство, называя его «церковью стен» (Mauerkirche). Его творчество оказывало устойчивое влияние на протестантскую  мысль вплоть до XIX в. Ближайшим продолжателем Вейгеля (в особенности в попытках интегрировать натурфилософскую и алхимическую терминологию Ф. Парацельса в христианское богословие) стал немецкий христианский мистик Якоб Бёме (1575–1624 гг.). Отдельные мотивы сочинений Вейгеля были подхвачены и развиты религиозной поэзией XVII в. (Д. Чепко, Ангелус Силезиус). Мысли о молитве, развитые в проповедях Вейгеля на основе учения об отрешённости, были восприняты писателем-богословом Иоганном Арндтом (1555–1621 гг.) и через его посредство вошли в богословие немецкого пиетизма. Предложенное Вейгелем  различение метафизического и морального зла получило философскую обработку в «Теодицее» немецкого философа и логика Готфрида Вильгельма Лейбница (1646–1716 гг.). В России в 1787 г. без указания места издания была опубликована приписывавшаяся Вейгелю книга «М. Валентина Вейгелия Небесная манна. Azoth et ignis. То есть златая драгоценная цепь...» (в настоящее время авторство не подтверждается). Кроме того, в библиотеках России хранятся рукописные копии сочинений Вейгеля, имевшие хождение в среде русских розенкрейцеров (например, 500 лет гнозиса в Европе: Гностическая традиция в печатных и рукописных книгах. М.; СПб.; Амстердам, 1993). Соч.: Два полезных трактата (1570,  1618); О законе или воле Божией (1570); Комментарий к Немецкой Теологии (1571); Познай самого себя (1571); Об истинной спасительной вере (1572); Книга о молитве (1612); О почитании Бога (1572/1577); Рукописное собрание проповедей (1573/1574); О созерцании жизни Христовой (1574); О месторасположении мира (1576, 1613); О вере (1576); Заупокойная проповедь (1576); Натуральное толкование сотворения мира (1577); О происхождении всех вещей (1577, 1618); Золотой ключ к познанию (1578, 1613); О жизни Христовой (1578); Церковные или домашние проповеди (1578/1579, 1618); Об оставлении грехов (1582); Диалог о христианстве (1584, 1614).