По ходатайству епископа Ермогена (Долганёва), Григория Ефимовича Распутина (1869–1916 гг.), императрицы Александры Фёдоровны 12 марта 1911 г. постановлением Синода иеромонаху Илиодору было разрешено остаться в Царицыне. Строительство монастырских корпусов и работы по расширению Свято-Духовской церкви велись с осени 1908 г. до весны 1911 г. по проекту епархиального архитектора Василия Петропавловского. Архитектурный комплекс Волгоградского монастыря просматривался со всех точек города и занимал почти весь квартал между улицами Онежской – с северо-запада, Ладожской (ныне ул. Рокоссовского) – с юго-востока, Печерской (ныне ул. Чапаева) – с юго-запада, Невской (ныне проспект Жукова) – с северо-востока. В плане монастырь представлял собой прямоугольник. Перестроенный к началу 1911 г. на средства царицынских купцов (300 тыс. руб.), Свято-Духовский храм стал вмещать до 4 тыс. человек. Он представлял собой четверик с венчающим куполом на мощном восьмигранном барабане. Прямоугольная в плане алтарная часть с четырёхскатной кровлей и крестом на «яблоке» имела пониженные пристройки жертвенника и диаконника. Входы в храм с северной и южной сторон обрамляли тосканские четырёхколонные портики, завершённые фронтонами. Примыкавшая к храму обширная трапезная имела по семь окон с северной и южной сторон, высокую двухскатную кровлю. Главный вход в храм проходил через колокольню, квадратную в плане, с двойными арочными проёмами звона. Колокольня венчалась высоким шатром с луковичной главкой. С северной и южной сторон храма располагались два П-образных в плане трёхэтажных корпуса келий. На первом этаже южного корпуса размещались аудитория, рабочие мастерские, кухни и несколько келий, на втором этаже – братские кельи, келья Илиодора. В северном корпусе размещались школа, рукодельная и кельи. Кельи были рассчитаны на 120 человек братии и 50 паломников. В одном из помещений иеромонах Илиодор разместил типографию, где печатались его сочинения, и планировался выпуск газеты «Гром и молния». С сентября 1911 г. по инициативе настоятеля под келейными корпусами и алтарной частью храма братия и прихожане обители рыли катакомбы. Илиодор убеждал своих почитателей, что готовит место для погребения ближайших духовных чад и «спасения от антихриста, который будет разрушать и осквернять храмы, когда начнутся гонения на православных». К 1911 г. на Царицынском архиерейском подворье жили три иеромонаха, пять монахов, десять послушников. На праздничные богослужения приходили до 10 тыс. горожан. После литургии братия и миряне собирались на совместную трапезу. После ссоры и драки с Г.Е. Распутиным в конце 1911 г. в Санкт-Петербурге Илиодор лишился поддержки при дворе. 30 ноября 1911 г. распоряжением обер-прокурора Синода Владимира Карловича Саблера (1845–1929 гг.) он был отстранён от управления подворьем.