Статьи по истории Русской церкви, опубликованные епископом Макарием в журнале, в 1857 г. вышли в свет отдельным изданием в трёх томах. 4 ноября 1854 г. он был избран ординарным академиком Академии Наук по Отделению русского языка и словесности. После назначения 1 мая 1857 г. епископа Макария на Тамбовскую кафедру пребывание Винницких епископов в Санкт-Петербурге завершилось. 24 января 1860 г. во епископа Винницкого был хиротонисан ректор Киевской духовной академии архимандрит Израиль (Лукин). 25 марта следующего года Винницкое викариатство было упразднено, епископ Израиль был уволен на покой с оставлением в должности настоятеля шаргородского Николаевского монастыря. Винницкое викариатство было возобновлено в 1904 г. 1 декабря Подольский и Брацлавский епископ Климент (Верниковский) был уволен от управления епархией с оставлением присутствующим членом Святейшего Синода и присвоением титула «епископ Винницкий». 27 августа 1905 г. епископ Климент был освобождён от присутствия в Синоде с отменой титулования Винницким. В 1905–1912 гг. назначений на Винницкое викариатство не было. 11 мая 1912 г. состоялось Высочайшее утверждение доклада Святейшего Синода «об учреждении в Подольской епархии на имеющиеся местные средства кафедры второго викарного епископа с присвоением ему именования Винницким... и о бытии ректору МДС архимандриту Борису (Шипулину) епископом Винницким». Хиротония архимандрита Бориса (Шипулина) состоялась 24 июня 1912 г. в Москве, в храме Христа Спасителя. 14 февраля 1914 г. епископ Борис был переведён на Балтское викариатство той же епархии; в этот же день на Винницкое викариатство был назначен епископ Давид (Качахидзе), 1 октября 1917 г. возглавивший Урбнисскую кафедру самопровозглашённой Грузинской автокефальной церкви. 22 октября 1918 г. во епископа Винницкого был хиротонисан ректор Киевской духовной семинарии архимандрит Амвросий (Полянский). Поскольку в 1919 г. центр Подольской губернии из Каменца-Подольского был перемещён в Винницу (в 1925–1930 гг. существовал Винницкий округ), епископ Амвросий в 1922 г. был назначен правящим архиереем Подольской и Брацлавской епархии. В 1923 г. он был выслан за пределы Украины и поселился в Москве. После его отъезда Каменец-Подольская епархия при поддержке советских властей была совершенно разгромлена обновленцами (см. Обновленчество): в Виннице, например, не осталось ни одного православного храма. В 1924 г. епископ-исповедник подвергся кратковременному аресту, после освобождения в 1925 г. был назначен управляющим Каменец-Подольской епархией, но выехать в неё не успел, т.к. в конце ноября того года вновь был арестован в Москве и приговорён к трём годам исправительно-трудовых лагерей. 22 июля 1926 г., после пострижения в монашество с именем Феодосий, во епископа Винницкого был хиротонисан протоиерей Димитрий Вощанский, с августа того же года он без права выезда жил в Харькове, в сентябре арестован, после освобождения был назначен в мае 1928 г. на Лужское викариатство Ленинградской епархии. В 1928–1931 гг. Винницким викариатством управлял живший с 1928 г. в браиловском во имя Святой Троицы монастыре Бершадский епископ Варлаам (Козуля). 17 января 1931 г. епископ Варлаам был арестован, 17 июля выслан в Карагандинскую область Казахстана. 13 мая 1932 г. на Винницкую кафедру получил назначение архиепископ Филарет (Линчевский), управлявший викариатством до 1933 г. В феврале 1932 г. была образована Винницкая область, в следующем году Винницкое викариатство стало самостоятельной Винницкой епархией.