Е.М. Витошинский выступил с инициативой создания биографического словаря русских композиторов, авторов духовных произведений (не осуществлено). Разработанный им проект создания централизованной, построенной по иерархическому принципу системы управления церковно-певческим делом в стране, как и его идеи о распространении музыкального образования, организации музыкальных обществ и т.д., были положены в основу доклада соборного Подотдела о церковном пении поместному Собору. Взгляды Е.М. Витошинского на духовно-музыкальное творчество менялись на протяжении жизни: в конце 1890 – начале 1900 гг. он отстаивал идею свободного, определяемого художественным вдохновением развития церковного пения. Е.М. Витошинский критиковал членов московского Наблюдательного совета при Синодальном училище церковного пения за приверженность к распевам церковного обихода и «консервативный», ограничивающий волю автора, строгий подход к выбору средств при их обработке. Подобным взглядам, по мнению исследователей, соответствуют написанные с большим пафосом его свободные духовно-музыкальные сочинения, выдержанные в обобщённо-эклектическом стиле, в них ощущается влияние духовной музыки как московской, так и петербургской ветвей так называемого нового направления. По мнению исследователей, автор тяготеет к трактовке хора как симфонического оркестра, рассчитывая на исполнение его музыки большими, технически продвинутыми музыкальными коллективами, часто использует крайние регистры хорового диапазона, резкие динамические контрасты и смены темпов. Более цельными, по мнению исследователей, и художественно-убедительными выглядят обработки Е.М. Витошинского украинских распевов (напевов Холмской Руси), в которых он показывает тонкое проникновение в стиль и дух местной церковно-певческой традиции, собирателем и знатоком которой он являлся. Немногочисленные духовно-музыкальные опыты композитора развивали идеи нового направления на юго-западной церковно-певческой почве. Ко времени поместного Собора взгляды Е.М. Витошинского становятся более умеренными: он проявляет себя как приверженец осмогласия и обиходных роспевов в качестве основ церковной музыки, однако сам от духовно-музыкального творчества отходит. Е.М. Витошинскому также принадлежат несколько светских музыкальных сочинений и обработок народных песен, записанных им непосредственно от исполнителей: «Малорусские песни Томашевского уезда Холмской губернии» и «Малорусская свадьба северо-восточной части того же уезда», собранные в 1914 г. и представленные в Отделение этнографии Русского географического общества (не обнаружены). После революции Е.М. Витошинский безуспешно пытался организовать представительство секции духовных композиторов Драмосоюза в Киеве, собрать материалы для сборника, посвящённого памяти Александра Андреевича Архангельского.