Во второй половине XIX в. с южной стороны к храму были пристроены палатки и одноэтажные больничные кельи. В 1695 г. по грамоте Великоустюжского архиепископа Александра на северо-восточной стороне монастыря, при больничных кельях, была построена каменная церковь во имя Всех святых, одноэтажная, с небольшой полукруглой апсидой. В 1786 г. храм был перестроен в домовую церковь архимандритов монастыря: устроены проходы во внутренние покои, к западной стене пристроены хоры. По храмозданной грамоте архиепископа Великоустюжского Иосифа (1710 г.) над могилой Киприана Устюжского в 1711 г. была построена небольшая церковь в честь Преполовения Пятидесятницы. По богатству декоративного убранства фасадов церковь Преполовения Пятидесятницы уступала другим устюжским храмам начала XVIII в. Пилястры в простенках между окнами и по углам были уравновешены двумя горизонтальными валиками вдоль всего фасада над и под окнами, дополнительно обрамлёнными вертикальными валиками с двух сторон, и третьим валиком по верху четверика под городчатым карнизом. При оформлении окон четверика впервые в устюжском зодчестве был применён новый тип декора, придававший нарядность, – наличники в виде прорисованных бровок. В середине XVIII в. с западной стороны к церкви была пристроена каменная паперть, декоративное убранство которой в целом повторяло декор четверика. В 1809 г. с севсерной стороны к храму пристроили две небольшие каменные палатки, одна из которых в 1848 г. стала приделом во имя преподобного Киприана. С 1842 г. с западной стороны к храму была пристроена трапезная, а к ней в 1845 г. – тесовая (с 1910 г. – кирпичная) паперть. К началу ХХ в. в результате пристроек первоначально небольшой храм Преполовения увеличился в размерах в три раза. В 1734–1737 гг. монастырь обнесли каменной оградой, в 1734–1735 гг. к северу от собора был построен каменный настоятельский корпус, в 1736–1737 гг. вдоль восточной стены – двухэтажный братский корпус, одноэтажный корпус с жилой кельей, тремя погребами и двумя поварнями (в этом корпусе в начале ХIХ в. размещалось духовное училище), несколько хозяйственных зданий. В 1896–1897 гг. во Введенском храме было устроено помещение для миссионерской школы и хоры для певчих, в тёплом переходе между Введенским и Архангельским храмами разместились пять братских келий. C 1737 г. в корпусах Великоустюжского монастыря существовала семинария, в 1786 г. переведённая в Вологду. По писцовой книге 1626 г., в Великоустюжском монастыре помимо архимандрита, келаря и казначея жили 125 человек, в 1668 г. числились 62 старца, 24 больничных старца и 206 вкладчиков-бельцов. В 1764 г. Великоустюжский монастырь был отнесён ко второму классу, по штату, в обители жили архимандрит, казначей, шесть иеромонахов, четыре иеродиакона, два пономаря, «просвиряк», ключник, чашник, подьячий, 16 «служителей» для архимандрита и «прочих в монастыре потребных служб», а также 30 заштатных «больничных» монахов, четыре «больничных» иеромонаха.