Второй слой фресок, также сохранившийся фрагментарно, исследователи датируют первой половиной XII в. (изображения сорока Севастийских мучеников, Божьей Матери Елеусы, святителей и др.). Эти росписи были выполнены в связи с перестройкой храма. Алтарная композиция, известная исследователям по описанию начала XX в. и по копиям, хранящимся в Археологическом музее в Софии, включает образ Богоматери на престоле с Младенцем и сонм поклоняющихся Им ангелов, в нижнем ярусе – фронтально стоящие архиереи. По мнению исследователей, новый престол был освящён во имя сорока Севастийских мучеников, но в документах периода турецкого господства церковь названа Влахернской. В середине XIX в. собор перестроили. В 1931 г. во время землетрясения обрушились его своды. В 1958 г. уцелевшие фрески были сняты, законсервированы и переданы в музей города Штип, а затем в Народный музей в Скопье. В 1975–1982 гг. храм восстановили, сохранив фрагменты древних стен, но не стали расписывать заново, а разместили на стенах копии фресок, ранее украшавших его своды. В 1996 г. в Водоче переселилась братия из соседнего монастыря Велюса. Водоче принадлежит Злетовско-Струмицкой епархии Сербской православной церкви, но фактически входит в состав Струмицкой митрополии православной церкви в Республике Македонии. В настоящее время в Водоче пять монахов, игумен – архимандрит Пимен. Монахи занимаются садоводством и виноградарством. В монастыре находятся мощи пострадавших в лавре Саввы Освященного преподобномучеников (ум. в 796 г., память 20 марта) и новомученика Агафангела Битольского (ум. в 1727 г., память 27 февраля). В музее хранится старинная церковная утварь, потир и несколько крестов (XI–XIX вв.), монеты македонских, римских и византийских правителей (датируемые с III в. до н.э. по XI в. н.э.), а также книги на греческом и славянском языках (XVIII–XIX вв.). Престольный праздник – день памяти мученика Леонтия (18 июня). В июле 2003 г. в монастыре прошли переговоры президентов Болгарии, Македонии и Албании.