Часть насельников жили в близлежащих сёлах, в том числе игумен Августин (Щеглов), иеромонахи Сергий (Васильев), Феофан (Яркин), Леонтий (Купряшкин), монах Аркадий (Эктов). Около 1930 г. бо́льшая часть братии была арестована. Успенский и Рождественский храмы, некоторое время действовавшие как приходские, к 1938 г. были закрыты. С 1938 г. в Вышенском монастыре находилась психиатрическая больница, в которой в 1960 гг. содержались более 900 человек. В Казанском и Рождественском соборах были размещены больничные склады. В 1973 г. усердием нескольких священнослужителей, в том числе настоятеля Сергиевской церкви в селе Эммануиловка протоирея Георгия Глазунова, были обретены и тайно перенесены в Троице-Сергиеву лавру мощи святителя Феофана. С 1988 г. мощи святителя находились в Сергиевском храме Эммануиловки. У алтаря храма были погребены и обретённые в Вышенском монастыре нетленные останки архимандрита Аркадия (Честонова). С 1947 г. в том же храме находится сохранённая двумя монахинями Вышенская Казанская икона Божьей Матери. Паломники со всей России и из-за рубежа приезжали в сельскую церковь для поклонения святыням. В 1990 г. часть зданий Вышенского монастыря была передана РПЦ, первыми насельницами стали прихожанки Скорбященской церкви города Рязани. Указом Синода от 14 июня 1990 г. настоятельницей стала игуменья Нонна (Знаменская). К началу 2005 г. монастырю были переданы Успенский, Рождественский и Казанский храмы, другие постройки, но, ввиду того что на территории Вышенского монастыря размещается психиатрическая лечебница (около 500 больных), сёстры проживают на подворье Вышенского монастыря в деревне Быкова Гора Шацкого района. В одном из помещений подворья освящена домовая церковь во имя Феофана Вышенского. Насельницы ежедневно приезжают на богослужения в восстановленный Успенский храм Вышенского монастыря. 29 июня 2002 г. крестным ходом во главе с Московским патриархом Алексием II из Сергиевского храма Эммануиловки в Успенскую церковь были перенесены мощи святителя Феофана. К апрелю 2005 г. в Вышенском монастыре реставрировались Казанский и Рождественский соборы, ремонтировались кельи для постоянного проживания в монастыре игуменьи Нонны и священноначалия. Вышенский монастырь осуществляет издательскую деятельность, при монастыре действует воскресная школа, ежемесячно проводятся беседы священнослужителей Вышенского монастыря с учащимися и преподавателями техникума, профтехучилища, культпросветучилища, средней общеобразовательной школы, а также с работниками районной библиотеки города Шацка. Клирики монастыря посещают исправительные и воинские учреждения. Сёстры вышивают плащаницы, воздухи, шьют подризники, выпекают просфоры. Планируется перевод пациентов психиатрической лечебницы в строящуюся с 2003 г. в деревне Выше больницу на 400 мест.