В ответ 9 апреля 1910 г. Главный Совет распространил заявление, в котором объявил все обвинения Соболевского голословными и клеветническими, а на заседании 30 мая 1910 г. вынес ему порицание. А.И. Соболевский принимал участие в работе Съезда сторонников Дубровина (пятый Всероссийский съезд Союза Русского Народа в Москве 21 ноября – 1 декабря 1911 г.), был избран товарищем председателя съезда, а по его итогам, наряду с Еленой Адриановной Полубояриновой, стал товарищем председателя Главного Совета, которым избрали А.И. Дубровина. Однако вместо ожидавшегося восстановления позиций сторонников Дубровина в СРН Съезд привёл к ожесточению внутренней борьбы и окончательному расколу Союза. Видимо, после такого итога междоусобицы в монархическом движении А.И. Соболевский от политической деятельности отошёл. Этому способствовал и тот факт, что он перебрался в Москву. Здесь в 1911 г. он возглавил СРЛ – наименее политизированную, но и наименее влиятельную монархическую организацию. После раскола СРН Соболевский проявлял симпатии к националистам, выступал против нападок на них дубровинского «Русского знамени». 2 марта 1912 г. в одном из писем возмущался, что газета Дубровина «отчаянно набрасывается на националистов», хотя он не совсем понимает, за что их надо преследовать. Соболевский полагал: «Конечно, состав национальной партии внушает некоторые подозрения, но отдельные лица не то, что партия». При этом он выступал с резким осуждением тех националистов, кто совершил прыжок «от украинофобства к украинству, от юдофобства к защите еврейского равноправия», таких как Анатолий Иванович Савенко (организатор Киевского Клуба Русских Националистов), Василий Витальевич Шульгин и других монархических деятелей, вступивших в антимонархический Прогрессивный блок. В годы Первой мировой войны пользовался авторитетом среди правых из провинции как крупный деятель монархического движения, не замешанный во внутрипартийных распрях. Нестор Николаевич Тихонович-Савицкий предлагал включить его в состав будущего единого Монархического Совета, который планировалось избрать на монархическом съезде в конце 1916 г. – начале 1917 г. В рамках планировавшейся государем реформы органов власти в конце 1916 г. Соболевский был назначен членом Государственного Совета. Победа Февральской революции произвела на него тягостное впечатление, он с болью смотрел, как разваливается государство, и гибнет Россия. 24 мая 1917 г. в письме к Борису Владимировичу Никольскому Соболевский писал: «Положение бывшей России, уходящей от нас святой Руси, – критическое». Его коллега и единомышленник академик Н.Н. Глубоковский в письме к Соболевскому так определял суть переживавшегося момента: «Настали разбойничьи времена». В лихорадочных поисках выхода он пришёл к выводу, что нужно голосовать за большевиков, полагая, что они могут стать силой, способной остановить распад страны. 22 мая 1917 г. Соболевский писал из Москвы в Петроград Б.В. Никольскому, который по принципу «чем хуже, тем лучше» голосовал за партию кадетов: «Я голосую за список большевиков (они теперь моя пассия), веду за собой сестру и братьев и убеждаю знакомых». Затем он записался в кандидатский список по выборам в Учредительное собрание от Трудовой группы, беспартийных крестьян и общественных деятелей. После захвата власти большевиками прекратил всякую политическую деятельность, сосредоточившись на научных занятиях. Летом 1918 г. был арестован без предъявления каких-либо обвинений. За него вступились учёные, и 24 августа он был освобождён под личное поручительство члена-корреспондента АН Сергея Алексеевича Белокурова (1862–1918 гг.), но дело его продолжало числиться за Московским ревтрибуналом. По некоторым сведениям, подвергался аресту или другой форме задержания незадолго до кончины в начале 1929 г.