Его учение было в целом монофизитским, хотя и избегало крайних суждений монофизитства. Севир писал много, но из его сочинений ни одно не издано в полном виде. По тем отрывкам, в каких его учение сохранилось у православных полемистов, оно не свободно от противоречий, что, однако, не может, по мнению исследователей, затушевать его догматической значимости. К этому времени выяснилось, что если все пререкания перенести на логическую точку зрения, то окажется, что все они зависят от решения вопроса: может ли быть природа без своей особой ипостаси или нет? И если бы нашёлся метафизик, который так или иначе разрешил бы это, то этим он дал бы первую посылку, но на деле этого не было, и эта посылка оставалась пока вопросом. По мнению монофизитов, природа не может быть без такой ипостаси, а по мнению православных, она во Христе имела для себя ипостасью Ипостась Логоса. Вторая форма этого спора состояла в ссылках на изречения святых отцов. Но и православные, и Севир в этом отношении пришли к заключению, что у святых отцов в этом случае встречаются терминологические колебания, и отношение к ним православных и монофизитов было таково, что первые не придавали значения тем выражениям, где говорилось об одном естестве, а вторые считали неточными святоотеческие выражения о двух естествах. К «Энотикону» императора Зинона (474–491 гг.) Севир, как никто из монофизитов, относился сначала враждебно за то, что там нет анафемы на Халкидонский собор, однако ни один из монофизитов не приблизился к халкидонской догме до такой степени, как он. Севир называл его не соединительным, а разделительным посланием, доводящим православие до нуля, т.е. монофизитское учение. Но он предавал Халкидонский собор анафеме не за то, что Собор, рассуждая о единении, говорит о двух природах: «Никто не выставлял против него такого бессмысленного обвинения, и сами мы признаём во Христе две природы – сотворённую и несотворённую». Он считал, что Халкидонский собор подлежит анафеме за то, что не последовал учению Кирилла Александрийского, не сказал, что из обеих природ – один Христос, отступился от выражений «единение по ипостаси, природное соединение». Таким образом, Севир смотрел на учение Халкидонского собора значительно мягче, чем другие монофизиты, чем, например, Диоскор. Те видели в учении о двух природах прямое заблуждение, ересь, осуждённую отцами, Севир же – лишь неполноту, односторонность, неумелый выбор догматических слов менее удачных вместо самых характерных. Он не скрывал и того, что православные могут привести в свою пользу не одно место из отеческой литературы, а смотрел на вещи прямее, чем, например, Тимофей II Элур (457–460, 475–477 гг.), который с торжеством восклицал: «Пусть нам дифизиты покажут разность двух естеств, если могут». Но все подобные места Севир отклонял тем же самым методом, каким православные богословы устраняют отеческие места, благоприятные учению об одной природе. Он утверждал, что подобные места не следует принимать в расчёт, потому что отцы выражались в них неточно, как это и естественно у писателей, живших до возникновения несторианства, или же под двумя естествами они разумеют собственно разные моменты бытия Слова, рассматривают Слово в моменте Его соединения. Севир писал: «И мы признаём существенное различие двух сочетавшихся в одно естеств; мы знаем, что иная природа Слова, и иная – плоти».