Собор 769 г. окончательно осудил антипапу Константина II. Он был избит, его язык урезан, после чего он был возвращён в келью. Все церковные назначения, сделанные Константином II, были признаны недействительными. Собор также приступил к созданию строгих правил папских выборов, ограничивая участие в последующих выборах дворянства. Впредь папой не мог стать простой человек, который не прошёл церковной иерархии от низших чинов до сана диакона или пресвитера-кардинала. Участие народа в избрании папы было упразднено. Наконец, Собор осудил иконоборчество и подтвердил смертные приговоры двум антипапам. В 770 г. Стефану III (IV) было предложено подтвердить избрание архиепископом Равенны Михаила, непрофессионала. Михаил, в союзе с последним лангобардским королём Дезидерием (756–774 гг.) и герцогом Римини, заключил в тюрьму Льва, избранного архиепископом Равенны первым. Стефан III (IV) отказался подтвердить избрание Михаила. Ссылаясь на решения Латеранского собора, он направил письма и посланников к Михаилу, требуя, чтобы он ушёл в отставку. Михаил отказался, и противостояние продолжалось в течение года, до прихода франкского посла в Равенну вместе с папскими легатами, которые убедили оппонентов Михаила свергнуть его и отправить в Рим в цепях. Вскоре после этого Стефан III (IV) рукоположил архиепископом Равенны Льва. Стефан III (IV) оказался слабым политиком и плохо ориентировался в обстановке, царившей в Западной Европе. На протяжении своего понтификата он опасался экспансионистских планов лангобардов. Рассчитывая получить поддержку франков, попытался стать посредником в спорах между Карлом I Великим и Карломаном. В 769 г. папа помог им примириться и оказывал на них давление, чтобы обеспечить границы Папской области, напоминая им о той поддержке, которую их отец оказывал папству в прошлом. Он также попросил их вмешаться от его имени в дискуссию с лангобардами. Посольство франков в 770 г. было отправлено к королю лангобардов Дезидерию. В него вошла мать Карла I Великого, Бертрада Лаонская (около 720 – 783 гг.). Их вмешательство имело благоприятный для папства результат – часть герцогства Беневенто была возвращена папе. Однако, к ужасу Стефана III (IV), Дезидерий и Бертрада вступили в переговоры о возможном браке между дочерью короля лангобардов, Дезидераты, и одним из сыновей Бертрады. Возможно, дискуссии шли и вокруг брака сестры Карла I Великого, Гизелы, и сына Дезидерия, Адельгиса (ум. после 788 г.). Стефан III (IV) написал Карлу и Карломану, протестуя по поводу предлагаемого альянса. Папа напомнил обоим монархам, которые уже были женаты, об обещании франков предыдущим папам, что они будут рассматривать врагов папы как своих врагов, и что они обещали Святому Петру противостоять лангобардам и восстановить права церкви. Он писал: «Вы, кто уже по воле Бога и вашего отца законно женаты на благородных жёнах собственной нации, которых вы обязаны беречь... И, конечно, не должно изгонять жену и жениться на других, или объединяться в браке с иностранцами, чего не делал ни один из ваших предков... Греховна даже мысль о том, чтобы вновь жениться, когда вы уже женаты. Вы не должны действовать так...» Его просьбы не были услышаны, и Карл I Великий в 770 г. женился на Дезидерате, временно закрепив семейную связь франков с лангобардами. На протяжении 769 и 770 гг. Стефан III (IV) продолжал опираться на поддержку и советы Христофора и Сергия, которых поместил при папском престоле. Их антипатия к лангобардам и общая профранкская позиция вынудили Дезидерия искать их смерти. Он подкупил камергера Павла Афиарту и других членов папского двора, чтобы они интриговали против Христофора и Сергия. Когда Дезидерий пытался в 771 г. войти в Рим с армией, утверждая, что идёт на богомолье в храм Святого Петра, Христофор и Сергий прискакали закрыть ворота города. Но прибыв к воротам, увидели вооружённых солдат на стенах, а король лангобардов просил папу выйти к нему для беседы. Папа ответил согласием. Во время отсутствия Стефана III (IV) Афиарта и его сторонники подстрекали толпу на свержение Христофора и Сергия. Но Христофор и его сын взяли верх и вынудили Афиарту бежать в Латеранский дворец.