В 1930 г. на обратном пути Е.В. Скадовская была арестована около Тобольска и отправлена под конвоем в Херсон. 15 января 1931 г. И.Г. Скадовский был арестован и заключён в тюрьму Херсона. Вместе с большой группой священнослужителей проходил по делу «Херсонской группы Одесского «филиала» Истинно-Православной Церкви (ИПЦ)». Обвинялся в том, что был организатором и руководителем «нелегальной религиозной общины антисоветски настроенных элементов», «совершал нелегальные богослужения на квартире», «организовывал помощь сосланному духовенству», вёл «антисоветскую агитацию». На допросах не скрывал своих убеждений, говорил: «Советскую власть считаю властью богоборческой, властью сатанинской, которая послана людям за грехи». Отказался давать показания о своих прихожанах: «От названия лиц и количества людей я уклоняюсь по причине нежелания быть предателем по отношению к ним». Виновным в антисоветской агитации себя не признал. 22 мая 1931 г. постановлением Судебной коллегии ОГПУ приговорён к пяти годам исправительно-трудовых лагерей. Отбывал срок заключения в Вишерском лагере. В феврале 1933 г. был переведён в другой лагерь, а в 1934 г. дальнейшее заключение было заменено на ссылку в городе Камышин (ныне Волгоградской области). Вместе с приехавшей к нему супругой жил в одном доме со ссыльным епископом Иоасафом (Поповым). Ссыльные священнослужители организовали у себя домашнюю церковь, регулярно совершали богослужения. В сентябре 1934 г. в Камышин прибыл архиепископ Прокопий (Титов), который остановился в доме у И.Г. Скадовского и епископа Иоасафа. 1 октября И.Г. Скадовский был арестован и помещён в камышинскую тюрьму, проходил по одному делу с архиепископом Прокопием и епископом Иоасафом. На допросе открыто высказал своё мнение, что социалистический строй враждебен церкви «и в конечном счёте преследует задачу её полного уничтожения», однако отказался признать себя виновным в контрреволюционной пропаганде: «Мои представления об идеальном социально-политическом строе не совпадают с идеями, лежащими в основе советской государственности. Добиваться, однако, осуществления своих идеалов путём политического переворота я не считаю для себя возможным». 17 марта 1935 г. приговорён особым совещанием при НКВД к пяти годам ссылки. Отбывал ссылку в городе Турткуле Каракалпакской АССР вместе с архиепископом Прокопием. Вскоре к И.Г. Скадовскому приехала его жена, которая всю жизнь посвятила делу помощи ссыльному духовенству. В Турткуле архиепископ Прокопий и И.Г. Скадовский вновь устроили домашний храм, духовно окормляли местных жителей. 24 августа 1937 г. И.Г. Скадовский был арестован вместе с архиепископом Прокопием по обвинению в «организации нелегальной молельни» и «контрреволюционной монархической агитации». И.Г. Скадовский заявил, что действительно совершал на дому богослужения, исполнял требы, отказался признать себя виновным в контрреволюционной агитации. 28 октября 1937 г. Особой тройкой при НКВД Узбекской ССР приговорён к расстрелу. Казнён вместе с архиепископом Прокопием (Титовым), погребён в безвестной общей могиле. Прославлен архиерейским юбилейным Собором РПЦ 2000 г.