После кончины архиепископа Евсевия в 1929 г. и периода временного управления Нарвской епархией епископом Печерским Иоанном (Булиным) Александр Паулус сам управлял Нарвской русской епархией с 1932 по 1937 гг., вплоть до избрания епископом Нарвским и Изборским Павла (Дмитровского). Среди русских жителей Эстонии Александр Паулус имел непререкаемый нравственный авторитет и пользовался всеобщей любовью. Во многом благодаря его усилиям авторитет православной церкви в Эстонской Республике возрастал из года в год. В 1934 г. приходы получили от государства компенсацию за национализированную в начале 1920 гг. церковную землю, им были предоставлены права юридического лица. В 1935 г. под руководством Александра Паулуса был подготовлен и принят Собором церкви новый устав ЭАПЦ, сохранивший своё значение до настоящего времени. В 1937 г., согласно новой Конституции Эстонской Республики, глава ЭАПЦ стал членом Государственного совета. В 1923–1939 гг. в Эстонии было построено 15 новых православных храмов: в Венекюла (1923 г.), в Нымме и Лайксааре (1924 г.), в Сурью (1925 г.), в Левала и на острове Пийриссаар (1927 г.), в Лухамаа и Мыйзакюла (1932 г.), на православном кладбище в Выру (1933 г.), в Копли (1935 г.), в Мыла (1937 г.), в Кохтла-Ярве (1938 г.) и в Треймани, Саатсе и Элва (1939 г.). Во многом благодаря Александру Паулусу удалось отстоять от угрозы закрытия и сноса лучший православный храм Эстонии – Александро-Невский собор в Таллинне. В 1936 г. туда была перенесена кафедра главы церкви. В 1933 г. при Псково-Печерском мужском монастыре открылась духовная семинария, высшее богословское образование можно было получить на теологическом факультете Тартуского университета, где существовала православная кафедра. В 1938 г. в Таллинне были открыты русскоязычные богословско-пастырские курсы. За годы пребывания на своей кафедре Александр Паулус рукоположил более ста священнослужителей, в том числе таких известных, как протоиерей Михаил Ридигер (отец патриарха Алексия II), протопресвирет Александр Киселёв, протоиерей Ростислав Лозинский, будущие Таллиннские архипастыри протоиереи Георгий Алексеев и Роман Танг и др. В июле 1940 г. в пределы Эстонской Республики вступили войска Советской Армии, 6 августа 1940 г. Эстония была включена в состав СССР. 10 ноября 1940 г. Синод ЭАПЦ во главе с Александром Паулусом обратился к митрополиту Московскому и Коломенскому Сергию (Страгородскому), Патриаршему Местоблюстителю, с прошением о воссоединении с РПЦ. Определением митрополита Сергия от 24 февраля 1941 г. просьба Синода была удовлетворена.