Покинул он Москву в 1669 г., получив от царя щедрую милостыню и жалованную грамоту с золотой печатью, на основании которой монахи обителей Святого Саввы в Александрии и великомученика Георгия в Каире получили право испрашивать милостыню в России через каждые три года. Завершив «дело патриарха Никона», Алексей Михайлович позаботился о восстановлении на христианском Востоке репутации и административных позиций деятелей Московского собора. Активная деятельность патриарха Паисия оставила целую серию его печатей и подписей на документах, текст которых, как правило, написан писцом-секретарём патриарха. Исследователи теперь легко идентифицируют запоминающийся каллиграфический почерк архидиакона грека Анастасия «из Малой России». Подпись самого патриарха Паисия на составленных от его имени грамотах всегда подлинная, в полном или сокращённом варианте («Александрийский Паисий», «Милостью Божией папа и патриарх александрийский Паисий» и т.п.) в виде сложной вязи, каждый элемент которой чётко отработан. До нашего времени дошёл один документ, посланный Паисием царю с дороги из Тифлиса 10 октября 1665 г. Текст грамоты почти полностью написан рукой Анастасия «из Малой России», однако исследователи обратили внимание на то, что последняя строка перед подписью патриарха явно отличается по почерку от основного текста (имеет небольшой наклон вправо и точно такой же цвет чернил, как и подпись в конце документа; при этом последняя строка примыкает к следующей за ней подписи патриарха Паисия). По-видимому, подписывая грамоту, патриарх счёл нужным сделать собственноручную приписку и тем самым усилить момент, связанный с его неустанной молитвой за царя: «Постоянный богомолец великого и святого твоего царствия Александрийский Паисий». Благодаря этой приписке исследователи получили образец почерка вселенского патриарха, который в дальнейшем позволит им вполне надёжно идентифицировать другие его автографы, если таковые найдутся в документах или рукописных книгах. Участие патриарха Паисия в процессе над Никоном, много сделавшего для усиления греческого влияния в России, было негативно воспринято многими восточными иерархами. Константинопольский патриарх Парфений IV (1657–1662, 1665–1667, 1671, 1675–1676 гг.) низложил Паисия, ссылаясь на его многолетнее отсутствие в Египте, и поставил на его место Иоакима II (1665–1667 гг.), однако египетские христиане воспротивились этому решению. При содействии русской дипломатии и Иерусалимского патриарха Нектария Критянина (1661–1669 гг.) это решение было отменено, а султан Мехмед IV (1648–1687 гг.) снял с патриарха возведённые против него обвинения. В 1678 г. патриарх Паисий ушёл на покой из-за преклонного возраста.