В лагере участвовал в тайных богослужениях иосифлян. Освобождён с Соловков 20 ноября 1928 г. по постановлению Особого совещания при Коллегии ОГПУ от 18 мая 1928 г. с лишением права проживания в семи крупных городах и Вятке сроком на три года. По рекомендации епископа Виктора (Островидова) в декабре 1928 г. поселился в Казани. Служил тайно, рукополагал священников и диаконов для Вятской епархии и Чувашии, окормлял около 50 иосифлянских приходов. Арестован в Казани 30 августа 1930 г. по обвинению в создании контрреволюционной организации «Истинно православная церковь» (см. Истинно православные христиане) в Татарской АССР. Больше года находился в казанской тюрьме. 26 января 1932 г. приговорён Особым совещанием при Коллегии ОГПУ к десяти годам лагерей. Отбывал срок в Прорвинском лагере Западно-Казахстанской области. В 1933–1934 гг. написал в лагере несколько посланий к пастве с осуждением деятельности митрополита Сергия (Страгородского). В первом из них утверждал: «Наше отхождение от митрополита Сергия имеет в своей основе не какой-либо мелочный каприз или чье-либо оскорбленное самолюбие, а решительное нежелание быть участниками в преступной приспособляемости митрополита Сергия и прочих иерархов к советской власти до допущения самого грубого и бесцеремонного вмешательства во внутреннюю жизнь Церкви Христовой работников ГПУ. Это вмешательство чуждых элементов в назначения на кафедры епископов и в другие церковные дела не может быть оправдываемо никакими церковными канонами и святоотеческими правилами, тем более что у нас Церковь отделена от государства. Наша борьба с митрополитом Сергием, этим проводником большевицкого цезаро-папизма – борьба очень почтенная, борьба за правду Божию и Христову и за святую Церковь Православную, преданную за тридцать серебряников безбожникам на поругание и разрушение (ликвидацию)… Я еще при самом своем разрыве с митрополитом Сергием в феврале 1928 года предвидел, что наша борьба с сергианством, хоть и является борьбой за веру Христову, будет долго бессильной и внешне почти безуспешной. Из истории Церкви Христовой видно, что почти все борцы за правду Христову погибали в борьбе, и что только после их смерти торжествовало то дело Божие, за которое они боролись. Так будет и в нашей борьбе с сергианством… Словом, хоть наша борьба и свята, но мы пока бессильны. Что касается до меня, то я не надеюсь на освобождение. Я скорее всего погибну и сгнию в лагерях, утешаясь обетованиями Христовыми: «Блаженны изгнанные правды ради, яко тех есть Царство Небесное». Приходится переносить страдания, другого исхода нет, другого решения быть не может. Пребывайте же непоколебимыми, возлюбленные! Для нас жизнь – Христос, а смерть – приобретение (Флп. 1:21)». Летом 1937 г. Нектарий был взят под стражу в лагере. 8 сентября 1937 г. приговорён Особой тройкой УНКВД по Западно-Казахстанской области к высшей мере наказания и в тот же день расстрелян и похоронен в городе Гурьеве. В 1981 г. канонизирован Русской православной церковью за границей (РПЦЗ).