То, что Савву Морозова, вопреки многолетним утверждениям советских историков, не отстраняли от дел, подтверждает и изучение журналов заседаний правления Никольской мануфактуры. Это, безусловно, важное открытие принадлежит правнучке Саввы Тимофеевича Т.П. Морозовой и исследователю Морозовской мануфактуры И.В. Поткиной. С.Т. Морозов тяжело переживал свою беспомощность, невозможность что-либо изменить. Он стал много времени проводить в одиночестве, не желал никого видеть. По Москве начали распространяться слухи о его сумасшествии. По настоянию жены и матери С.Т. Морозова 15 апреля 1905 г. был созван консилиум, в котором участвовали врачи Григорий Иванович Россолимо (1860–1928 гг.), Фёдор Александрович Гриневский (1860–1932 гг.) и Николай Николаевич Селивановский. Консилиум пришёл к выводу, что у Саввы Морозова «тяжёлое общее нервное расстройство, выражавшееся то в чрезмерном возбуждении, беспокойстве, бессоннице, то в подавленном состоянии, приступах тоски и прочее». Рекомендовалось направить С.Т. Морозова для лечения в Европу. В сопровождении жены и доктора Н.Н. Селивановского Савва Морозов выехал в Берлин, а затем в Канны. Здесь 13 (26) мая 1905 г. он был найден в гостиничном номере мёртвым, с простреленной грудью. Руки Саввы Тимофеевича были сложены на животе, пальцы левой были опалены, правая рука была разжата, и около неё лежал браунинг. На полу лежал листок: «В смерти моей прошу никого не винить». Согласно официальной версии С.Т. Морозов покончил с собой, однако исследователи не исключают и другую версию: его могли убить, инсценировав самоубийство. Официальные власти проявили самое уважительное отношение к этому трагическому событию. Тогдашний генерал-губернатор Москвы Александр Александрович Козлов (1837–1924 гг.) писал градоначальнику графу Павлу Павловичу Шувалову (1859–1905 гг.): «Ввиду имеющихся у меня документов, прошу Ваше сиятельство распорядиться о выдаче удостоверения об отсутствии со стороны администрации препятствий преданию земле по христианскому обряду тела мануфактур-советника Саввы Тимофеевича Морозова». На похоронах Морозова А.А. Козлов, подойдя к Зинаиде Григорьевне, которую он хорошо знал и в доме которой бывал, выразил ей соболезнование и прямо сказал: «Не верю я в разговоры о самоубийстве, слишком значимым и уважаемым человеком был Савва Тимофеевич. Потеря для всех – огромная». Российско-американский историк Юрий Георгиевич Фельштинский (род. в 1956 г.) подозревает в убийстве С.Т. Морозова Л.Б. Красина. Однако, по воспоминаниям Максима Горького, сам Савва Тимофеевич ещё задолго до своей смерти говорил ему, что в его смерти заинтересованы черносотенцы, которые неоднократно присылали ему письма с угрозами из-за его участия в революции. Максим Горький также указывал: «После смерти Саввы Морозова среди рабочих его фабрики возникла легенда: Савва не помер, вместо него похоронили другого, а он отказался от богатства и тайно ходит по фабрикам, поучая рабочих уму-разуму“». Похоронен Савва Тимофеевич Морозов на старообрядческом Рогожском кладбище в Москве.