По летописному сообщению, Мануил «бегал перед Климом», т.е., как полагают исследователи, в периоды фактического занятия Климентом Киевской митрополии (1147–1149, 1151–1155 гг.) Мануил находился вне своего кафедрального города, скрываясь от наречённого митрополита (в это время единомышленники Мануила Нифонт Новгородский и Полоцкий епископ Косма оставались на своих кафедрах, хотя Нифонт в 1149 г. был по распоряжению Климента и Изяслава заключён в Киево-Печерском монастыре; исследователи не исключают, что Мануил мог укрываться в Полоцкой земле у епископа Космы). 30 сентября 1150 г. князь Ростислав Мстиславич выдал Смоленской епископии грамоту «О холме», по которой земля в Смоленском детинце (крепости) и он сам переходили в собственность епископии, в то время как князь обосновался в пригородной резиденции на реке Смядыни. Незадолго до этого, согласно Похвальному слову князю Ростиславу Мстиславичу (1167 г.), 15 августа 1150 г. Успенский собор был освящён Мануилом. Исследователи полагают, что освящение было совершено во второй раз. По мнению Л.В. Алексеева, оно произошло после большого ремонта, связанного с обустройством будущего епископского двора на «холме» (Соборной горе). Исследователи полагают более вероятным объяснение Я.Н. Щапова, который считал причиной переосвящения кафедрального собора службу в нём в предшествующий период духовенства, поддерживавшего Климента (возражения против последней гипотезы В.Л. Янина, который считал, что это могло произойти только спустя шесть лет, после утверждения на митрополии Константина I, трудно принять в связи с тем, что в 1150 г. Климент не занимал митрополичий стол, находясь в изгнании вместе с князем Изяславом Мстиславичем во Владимире-Волынском). В 1156 г., после занятия киевского стола князем Юрием Владимировичем Долгоруким и прибытия на Русь поставленного в Константинополе митрополита Константина I, которого Мануил вместе с Космой Полоцким встречал в Киеве (Нифонт скончался там, не дождавшись приезда нового митрополита), Мануил вернулся в Смоленск на свою кафедру. Исследователи полагают, что вместе с новым митрополитом и Полоцким епископом Мануил принимал соборное решение о лишении сана рукоположённых Климентом священников как поставленных незаконно («испръвергъши Климову службу и ставлениа» – «Полное собрание русских летописей», том 2). В 1158 г., как полагают исследователи, под влиянием Мануила, князь Ростислав Мстиславич возражал против возвращения Климента на митрополичью кафедру, на чём настаивал племянник Ростислава Мстислав Изяславич. Последнее летописное известие о Мануиле относится к 1167/1168 г., когда он вместе с князем Романом Ростиславичем и тысяцким Внездом участвовал во встрече в Смоленске Киевского князя Ростислава Мстиславича. Следующий Смоленский епископ, Константин, упоминается под 1180 г. («Полное собрание русских летописей», том 2). Исследователям известна владычная печать Мануила с погрудным изображением Божьей Матери «Знамение» на одной стороне и греческой надписью «Мануил, епископ Смоленска» на другой.