В декабре 1989 г., протестуя против захвата кафедрального Воскресенского собора Ивано-Франковска группой униатов, Макарий остался в захваченном храме и объявил голодовку, которая продолжалась две недели. Несмотря на это, 28 января 1990 г. Ивано-Франковский горисполком принял решение о передаче собора УГКЦ. При поддержке местных властей униаты и сторонники неканоничной Украинской автокефальной православной церкви (УАПЦ) захватили бо́льшую часть православных храмов на Ивано-Франковщине. Активная позиция Макария по защите единства церкви не получила поддержки со стороны тогдашнего руководства Украинского экзархата. 20 марта 1990 г. постановлением Синода Украинского экзархата Макарий был уволен на покой. 20 июля того же года назначен Священнным Синодом РПЦ архиепископом Клинским, викарием Московской епархии, управляющим Патриаршими приходами в США и временно управляющим патриаршими приходами в Канаде. После отстранения от руководства Украинской православной церковью бывшего Киевского митрополита Филарета (Денисенко), учинившего раскол, изверженного за это из сана и лишённого всех степеней священства, Макарий смог вернуться на Украину. В 1992 г. был назначен архиепископом Винницким и Брацлавским. В том же году стал председателем ОВЦС УПЦ. В период пребывания в Киеве (июнь 1992 г.) принял активное участие в противостоянии сторонникам Филарета (Денисенко), который пытался захватить Киево-Печерскую лавру. После разделения Винницкой и Брацлавской епархии 4 октября 1994 г. назначен архиепископом Винницким и Могилёв-Подольским. В 2000 г. возведён в сан митрополита. Награждался орденами РПЦ: святого князя Владимира второй степени (1977 г.), преподобного Сергия Радонежского первой степени (1988 г.), святого благоверного князя Даниила Московского второй степени (1995 г.), святителя Иннокентия, митрополита Московского, второй степени (2003 г.); орденами УПЦ: преподобных Антония и Феодосия Киево-Печерских второй степени (2000 г.), Рождества Христова первой степени (2000 г.), орденом преподобного Нестора Летописца первой степени (2003 г.), а также наградами поместных церквей: орденом святого Гроба Господня Иерусалимского патриархата, орденом святого великомученика Георгия Победоносца Грузинской православной церкви, орденом святых равноапостольных Кирилла и Мефодия Болгарской православной церкви, орденом святой Марии Магдалины Польской православной церкви. 9 июня 2007 г. в кафедральном Преображенском соборе Винницы состоялось отпевание Макария, который скончался после тяжёлой болезни в клинике в Германии. Похоронен рядом с собором.