Мирон поставил образ в Никольском храме, поскольку подняться на Чёрную гору из-за глубокого снега было невозможно. После молебна перед чудотворной иконой исцелилась слепая девица Марфа из веси Цимола. Пресвятая Дева, явившись ей во сне, настойчиво велела перенести образ на гору: «...Не изволих бо в чюжем дому пребыти». Летом 1604 г. священник исполнил повеление и поставил на Чёрной горе крест и икону, «оградив ю дщицами». В течение двух лет чудотворный образ находился здесь без всякого присмотра, только в летнее время года священник Мирон на склоне горы занимался земледельческими работами. В 1606 г. игумен Варлаам уговорил священника принять иноческий постриг с именем Макарий. Вскоре к Макарию пришёл из Москвы странствующий монах Иона. Вместе иноки начали строительство храма. Макарий отправился к царю Василию Ивановичу Шуйскому с челобитной, в которой следующим образом объяснял необходимость создания общежительной обители: «...Жили, де, по Пенеге реке все Русские люди, а постричися и прибегнути было им негде». 28 августа 1606 г. датированы царская грамота на Пинежский Волок выборному земскому судье Ивану Назарьеву об отдаче Макарию Чёрной горы на оброк под постройку монастыря и дозорная память об угодьях обители. Из дозорной следует, что «у строителя черного попа Макарья устроено: поставлена церковь, до розвалу, во имя Пречистые Богородицы честныя и славныя ея Похвалы, да у церкви трапеза совершена, и две кельи поставлено, а братьи у него собрано три старца да трое трудников» («Акты исторические», том 2). Монастырю принадлежало приблизительно 10 десятин земли, половина была уже распахана («а чищено прогализнами промежу лесом»), одна часть оставалась пустой, другая заросла лесом. Обитель выплачивала 10 алтын в год оброчных денег. 2 октября 1608 г. Новгородский митрополит Исидор выдал строителю Макарию антиминс для освящения храма и настольную грамоту (опубликована). Церковь Похвалы Пресвятой Богородицы была освящена, как полагают исследователи, 6 июля 1609 г., поскольку впоследствии в этот день в монастыре собирались крестные ходы из всех храмов Пинежского уезда; в народе этот праздник назывался «Горний» («Акты исторические», том 2). Строительство монастыря вызвало недовольство среди окрестных крестьян. В Чуде 4 «Сказания о Владимирской иконе», записанном со слов его главного героя – жителя Сояльского погоста Михаила по прозвищу Ворга, рассказывается, что он «поносил глаголы хулныя на место сие святое». Двинский воевода Иван Васильевич Милюков-Гусь (не позднее декабря 1607 г. и не раньше апреля 1609 г.) приказал посадить Михаила в тюрьму в Холмогорах, где его подвергли пыткам. По молитвам к Пресвятой Богородице крестьянин был избавлен от заключения и с тех пор ежегодно «по обещанию своему» приносил в Черногорскую обитель «по мере жита». Воевода был также спасён от смерти заступничеством Пречистой Девы во время восстания в Холмогорах в январе 1609 г.