Впоследствии обратился к истории монастырей: «Монастырь Крка» (2001 г.), «Хиландар» (1998 г.). Слободан Милеуснич активно участвовал в организации выставок предметов из сербских церковных и монастырских ризниц, в том числе выставки «Византия, вера и сила: 1261–1557» (Метрополитен-музей, Нью-Йорк, март 2004 г.). После посещения практически каждой обители составил сборники «Путеводитель по монастырям Сербии» (1995 г.), «Средневековые монастыри Сербии» (1997 г.) и подготовил фундаментальные издания «Монастыри Сербии: Большая иллюстрированная энциклопедия» (2002 г., две книги) и «Сербские монастыри: от Хиландара до Либертивилла» (2004 г.). В 1990 гг., во время гражданских войн на территории бывших республик Югославии, Слободан Милеуснич активно выступал с призывами защитить местные памятники церковной архитектуры от разрушения и стал инициатором целого ряда общественных мероприятий. В нескольких книгах описал уникальность сербских памятников, расположенных на охваченных военными конфликтами землях: «Святыни Косова и Метохии» (1999 г.), «Страдания сербских церквей и монастырей Косова и Метохии» (2000 г.). Исследователи особо выделяют исследование Слободана Милеуснича «Духовный геноцид, 1991–1995: Опись разрушенных, повреждённых и поруганных церквей, монастырей и других церковных зданий на территории бывших югославских республик Хорватия и Босния и Герцеговина» (1996 г.), где он излагает истории храмов и часовен, пострадавших во время военных столкновений. В статье «Духовный геноцид – культурная катастрофа: Континуитет разрушений церквей в Косово и Метохии» (2005 г.) Слободан Милеуснич описывает процесс развития церковного строительства в Косово и Метохии и этапы разрушения памятников завоевателями и коммунистическими властями. Сербским святым Слободан Милеуснич посвятил монографии «Сербские святые» (1989 г.), «Святой Стефан Штилянович – воин и святой» (1992 г.). Некоторые его статьи отражают различные аспекты истории Сербской церкви, например, «Сто писем Д. Руварца Р. Груичу» (1997 г.).