Исследователи полагают, что впоследствии территория Милешевской епархии входила в состав Будимлянской епархии (см. ст. Будимлянско-Никшичская епархия). В новейший период отдельная Милешевская епархия была образована в 1992 г. Ею управляли: как администратор – Канадский епископ Георгий (Джокич) в 1992–1994 гг.; епископ Василий (Вейнович) в 1994–1997 гг.; епископ Филарет (Мичевич) в 1997–2015 гг. Владыка Филарет (Мичевич) способствовал реконструкции монастыря Милешева, восстановлению разрушенных и открытию новых храмов. В 1997 г. епархия была разделена на три наместничества, в ней действовали три монастыря (Милешева, Баня и Троицкий под Плевлей) и 18 приходов, в которых служили 17 священников. В настоящее время в Милешевской епархии 14 обителей. Помимо Милешевы это монастырь Баня во имя святителя Николая, Бистрица (в селе Бистрица близ Приеполя, в честь Успения Пресвятой Богородицы; основан в первой половине XIII в., при турках пришёл в запустение, обновлён в 1872 и 2004 гг.), Давидовица, Доволя, Дубница (во имя Святой Троицы, основан Печским патриархом Гавриилом I (Раичем), впоследствии сожжён и восстановлен в 2007 г.), Дубочица (во имя святителя Николая Чудотворца; основан в 1565 г., при строительстве водохранилища в 1983 г. перемещён на 11 км южнее), Куманица (в честь Собора архангела Гавриила; основан на рубеже XIII и XIV вв., при короле Милутине разрушен не позже второй половины XVII в., восстановлен в 2001 г.), Ораховица (или Мажичи; во имя великомученика Георгия Победоносца; основан в начале XIII в.), Пустиня (во имя апостолов Петра и Павла; основан на рубеже XIV и XV вв., в XVII в. разрушен турками, восстановлен в 2003 г.), Джурджевича-Тара (во имя архангела Михаила; основан в XIV в., при турках разрушен, восстановлен в 2000 г.), Селяни (в честь Успения Пресвятой Богородицы; основан в XIV в.), во имя святых Космы и Дамиана (основан в 2010 г., подворье (метох) монастыря Милешева), Плевлянский монастырь во имя Святой Троицы. В 2012 г. власти Черногории предписали семерым священникам Милешевской епархии, которые имели гражданство Сербии, покинуть страну. По причине нехватки духовенства это решение осложнило деятельность епархии.