Первоначально Воронежская духовная семинария располагалась в архиерейском доме и при Благовещенском соборе. По проекту Джакомо Кваренги в комплекс архиерейского подворья должна была войти и семинария. Недостаток средств не позволил осуществить замысел; семинария переехала в другое здание. Однако Митрофанов Воронежский монастырь продолжил образовательную деятельность. До 1882 г. при монастыре действовало мужское духовное училище, содержавшееся на средства обители. В 1889 г. открыта церковноприходская школа, преобразованная позже в двухклассную. Для неё при Митрофановом Воронежском монастыре построили здание, в котором обучалось ежегодно до 150 учеников; монастырь полностью оплачивал её содержание. В 1900 г. на средства Митрофанова Воронежского монастыря была построена ещё одна церковноприходская школа. В 1885 г. при Митрофановом Воронежском монастыре было учреждено братство святителей Митрофана и Тихона, призванное вести миссионерскую и церковно-просветительскую работу. В здании монастыря братство организовало большую библиотеку (около 5500 книг) и читальню. С октября до Пасхи в читальном зале братства по воскресеньям и вторникам проводились религиозно-нравственные чтения для народа со «световыми картинами». Деятельными членами братства были наместник архимандрит Александр (Кременецкий) и Лев Захарович Кунцевич. 25 января 1898 г. при Митрофановом Воронежском монастыре открылся Воронежский отдел Православного Палестинского общества. 31 января 1901 г. в братском читальном зале Митрофанова Воронежского монастыря состоялось открытие Воронежского церковного историко-археологического комитета. Издание комитета («Воронежская старина») оставалось незаменимым источником по истории Воронежской епархии и края. Митрофанов Воронежский монастырь, обладавший значительными средствами, развернул благотворительную деятельность, особенно активную в годы Русско-турецкой войны 1877–1878 гг., Русско-японской войны 1904–1905 гг. и Первой мировой войны 1914–1918 гг. Значительную помощь монастырь оказывал голодающим крестьянам в 1891–1892 гг. Стараниями архиепископа Тихона (Никанорова), ректора Воронежской духовной семинарии Серафима (Соболева) и наместника архимандрита Александра (Кременецкого) велась подготовка к канонизации Антония (Смирницкого). 22 октября 1914 г. над местом его погребения была освящена часовня-усыпальница. Синодальная комиссия осмотрела останки святителя Антония (Смирницкого). На поместном Соборе 1917–1918 гг. обсуждалось предложение о канонизации Антония (Смирницкого), однако начавшаяся революция и гражданская война помешали довести до конца это намерение.