26 декабря 2003 г. Марк был назначен епископом Егорьевским, викарием Московской епархии. 14 января 2004 г. архиерейскую хиротонию в храме Христа Спасителя возглавил патриарх Алексий II (Ридигер). Решением Синода от 31 марта 2009 г. назначен секретарём Московской патриархии по зарубежным учреждениям. Также ему было поручено временное управление Венско-Австрийской и Венгерской епархиями. 26 июля 2010 г. Секретариат был преобразован в Управление Московской Патриархии по зарубежным учреждениям, и Марк стал руководителем управления. 27 мая 2009 г. назначен председателем новоучреждённой Патриаршей наградной комиссии. С 27 июля 2009 г. также является членом Межсоборного присутствия РПЦ, возглавляет Комиссию по богослужению и церковному искусству. 1 февраля 2010 г. возведён в сан архиепископа. В декабре того же года Марку было поручено окормление приходов на территории Северо-Западного административного округа Москвы (Успенское благочиние). 22 марта 2011 г. Марк стал членом Высшего Церковного Совета РПЦ. 31 декабря того же года назначен управляющим Северо-Западным викариатством в границах Северо-Западного и Зеленоградского административного округов Москвы и Северным викариатством в границах Северного административного округа Москвы и включён в состав епархиального совета Москвы. С 8 апреля 2013 г. выполняет обязанности настоятеля храма святой преподобномученицы Елисаветы Патриаршего подворья в Покровском-Стрешневе. 16 июля 2013 г. назначен временно управляющим приходами Московского патриархата в Италии, 25 июля 2014 г. – председателем финансово-хозяйственного управления Московского патриархата с временным сохранением должности руководителя Управления Московской патриархии по зарубежным учреждениям. Был председателем правления Фонда поддержки строительства храмов города Москвы. 22 октября 2015 г. назначен управляющим Рязанской и Михайловской епархией с освобождением от управления Венско-Австрийской и Венгерской епархиями, от должности руководителя Управления Московской патриархии по зарубежным учреждениям и от управления приходами Московского патриархата в Италии. 4 ноября 2015 г. в Патриаршем Успенском соборе Московского Кремля патриархом Кириллом (Гундяевым) возведён в сан митрополита. Распоряжением патриарха Кирилла (Гундяева) в ноябре 2015 г. освобождён от управления Северным и Северо-Западным викариатствами Москвы.