В 1701–1707 и 1710 гг. Монастырский приказ проводил переписи монастырских владений, однако удовлетворительных окончательных результатов они не дали. В 1710 гг. в Монастырском приказе вели работу по составлению штатов для патриаршего и архиерейских домов и монастырей, которая из-за отрицательного отношения духовенства не была завершена. В состав Монастырского приказа вошёл Печатный двор (1701 г.), на балансе приказа находилось московское Заиконоспасское училище, приказ выделял средства на организацию школ в епархиях. Штат приказа по сравнению с XVII в. не претерпел серьёзных изменений. Во главе Монастырского приказа стояли судьи: граф Иван Алексеевич Мусин-Пушкин (1701–1715 гг.), князь Пётр Иванович Прозоровский (1715–1720 гг.), Василий Семёнович Ершов (1721–1723 гг.), Кирилл Лаврентьевич Чичерин (1723–1725 гг.). Под началом судьи работали попеременно четыре дьяка, в приказе было до 17 повытий с общим числом подьячих около сотни человек. С 1715 г. штат Монастырского приказа был укомплектован двумя секретарями, двумя дьяками, 13 канцеляристами, 87 подканцеляристами и копиистами. Первоначально Монастырский приказ был подчинён царю, а в 1711 г. вошёл в сферу надзора вновь созданного Сената. С 1720 гг. наблюдается последовательное сокращение полномочий Монастырского приказа. Указом от 17 августа 1720 г. Монастырский приказ был закрыт. 14 февраля 1721 г. императорским указом была создана Духовная коллегия (Синод), которой было «повелено: патриаршие, архиерейские и монастырские вотчины, которые ведомы были в Монастырском Приказе, сборами и правлением ведать в одном Духовном Синоде». По ходатайству Синода Монастырский приказ вскоре был восстановлен в составе синодального управления, значительная часть финансовых функций Монастырского приказа была передана коллегиям – Штатс-конторе и Камер-конторе. В 1720 г. суд над духовенством, церковнослужителями и населением церковных вотчин из компетенции Монастырского приказа был передан во вновь созданную Юстиц-коллегию, а на местах – в губернские и земские канцелярии. В 1721 г. из-за большого количества жалоб суд над духовенством был передан Синоду, а над монастырскими крестьянами – Монастырскому приказу. Наконец, указ Синода от 4 сентября 1722 г. оставил в компетенции Монастырского приказа лишь суд по гражданским вопросам над крестьянами, проживавшими в епархиальных и монастырских вотчинах, а земли бывшего Патриаршего дома были вновь переведены в ведение Патриаршего Дворцового приказа (второе Полное собрание законов Российской империи, том 4). 14 января 1725 г. указом Сената Монастырский приказ был переименован в Синодального правительства камер-контору, президентом которой стал «того же приказу судья Кирил Чичерин» (второе Полное собрание законов Российской империи, том 7). Полномочия камер-конторы уже в 1726 г. были переданы в ведение Коллегии экономии.