За провозглашение 19 июля 1812 г. акта Минской конфедерации о признании объявленного императора Наполеоном I Бонапартом восстановления Речи Посполитой, а также за иные проявления нелояльности по отношению к российским властям 16 мая 1816 г. Якуб Игнатий Дедерко был смещён с кафедры и выслан в Олыку; там вплоть до своей смерти в 1829 г. он жил при иезуитской коллегии. К 1803 г. в католическом Минском епископстве проживали около 130 тыс. католиков, их окормляли 88 священников; в диоцезе насчитывалось 74 приходские церкви, 13 филиальных, 77 монастырских храмов, 20 часовен. Католическое духовенство Минского епископства (в основном, польское) активно поддержало польские восстания (1830–1831 и 1863–1864 гг.). После первого польского восстания из 35 монастырей Минского епископства 12 были закрыты за оказание помощи мятежникам. У десяти обителей конфисковали земельные и другие владения, что создало условия для их последующего расформирования. С конца 1839 г. до 1852 г. Минская кафедра оставалась вакантной. В 1842 г. из Могилёва в Минск была перенесена так называемая митрополичья духовная семинария, насчитывавшая сорок учеников (она действовала в Минске до перевода в Санкт-Петербург в 1879 г.). Занимавший с 1853 г. Минскую кафедру епископ Адам Войткевич после второго польского восстания осудил репрессии российских властей против мятежников и поддержавшего их католического духовенства, что стало причиной его конфликта с генерал-губернатором Северо-Западного края Александром Львовичем Потаповым. В июне 1866 г. генерал-губернатор Северо-Западного края Константин Петрович Кауфман подготовил проект упразднения католического Минского епископства. К этому времени в диоцезе действовали девять деканатов, 55 приходских и 24 филиальных церкви, 141 часовня, девять мужских монастырей и четыре женских монастыря. По указу императора Александра II от 27 июля 1869 г. католический Минский диоцез прекратил существование и вошёл в состав католического Виленского епископства, тогда же Адам Войткевич покинул Минск и переехал в Вильну, где вскоре умер. Все католические обители в 1866–1873 гг. были упразднены, последним закрыт в 1873 г. монастырь доминиканцев в Несвиже. В 1869–1880 гг. бывшим Минским епископством руководили администратор Виленского епископства Пётр Жилинский и апостольские визитаторы для деканатов бывшего Минского диоцеза Фердинанд Сенчковский и Ян Юргелевич. В 1882 г. кардинад Мариано Рамполла (государственный секретарь Папского престола в 1887–1903 гг.) обвинил Петра Жилинского в самовольном управлении Минским диоцезом (данный факт свидетельствует о том, что папа Римский не признавал упразднения католического Минского епископства). После подписания в 1882 г. конкордата Папского престола с Российской империей бывшее Минское епископство перешло под управление апостольского администратора, им стал Антоний Фиалковский, «архиепископ-митрополит Могилёвский всех в Российской империи римско-католических церквей» (1872–1883 гг.), имевший резиденцию в Санкт-Петербурге. В 1869–1905 гг. для государственных нужд в Белоруссии были изъяты 150 католических храмов, часть из них передали православным. Это, в первую очередь, касалось бывших униатских храмов, преобразованных в католические церкви в период ликвидации унии (конец 1830 гг.) в случаях массового перехода униатов в латинский обряд.