Стольник Г.Д. Овцын, иждивением которого после пожара был выстроен каменный собор, умер 17 апреля 1683 г. и в декабре 1684 г., согласно его завещанию, был похоронен близ собора, напротив северного придела в честь иконы Божьей Матери «Одигитрия». При перестройке собора на средства Шуваловых место захоронения оказалось внутри собора и было утеряно. По завещанию графини М.Е. Шуваловой её тело было погребено в обители – в склепе под соборным приделом Николая Чудотворца. Каменный склеп имел глубину около 3 аршин, длину около 6, ширину около 5 аршин. Граф П.И. Шувалов был похоронен в фамильном монастырском склепе – под недостроенной церковью преподобного Петра Афонского. В усыпальнице покоились также другие представители рода Шуваловых. В 1859 г. по ходатайству потомка благотворителей Андрея Петровича Шувалова прах членов семьи был перенесён в склеп Николаевского придела соборного храма, в нише на западной стороне придела был установлен памятник высотой около 4 аршин, изготовленный по проекту архитектора Тверской удельной конторы Михаила Сергеевича Шашина. Ему же принадлежал и проект переделки склепа. Монашеские захоронения располагались вокруг Спасского собора, настоятелей погребали с западной стороны, справа и слева от входа. После 1917 г. Малицкий монастырь лишился земельных владений, потерял право содержать школу. В первые месяцы после революции 1917 г. монастырь продолжал вести хозяйство, братия пыталась зарегистрироваться как трудовая сельскохозяйственная коммуна. 20 июля 1918 г. Брянцевский волостной исполком уведомил игумена об обложении монастыря единым чрезвычайным продовольственным налогом (1 тыс. руб.), 5 декабря – другим налогом (4 тыс. руб.). Остаток средств монастыря на 1919 г. составил 2180 руб. Сохранилось прошение Николо-Малицкого церковного совета от 12 мая 1929 г. в Тверской губернский административный отдел разрешить 22 мая перенести крестным ходом икону Николая Чудотворца из монастыря в Вознесенскую церковь, «что за р. Волгой», а 14 июля вернуть святыню в обитель. (Государственный архив Тверской области). Прошение осталось без ответа. После 1930 г. Малицкий монастырь был закрыт. Согласно материалам уголовного дела, «служитель культа», как полагают исследователи, игумен Иосиф (Яровой-Яропольский), 29 января 1930 г. был задержан, доставлен в Тверской окружной отдел ОГП, обвинён по статье 58-10 УК РСФСР и приговорён к трём годам ссылки в Северный край. В протоколе допроса от 30 января 1930 г. со слов обвиняемого записано, что в момент задержания кроме него в монастыре проживали иеромонах и монах-сторож. Из текста обвинительного заключения от 1 февраля 1930 г. следует, что в то время монастырь ещё не был закрыт: «Произведённым по делу следствием установлено, что Яровой-Яропольский, проживая в д. Малицы, группировал вокруг себя женщин и вёл с ними собеседования, направляя свою деятельность к срыву организации коллектива, в чём он лично был заинтересован, т.к. с проведением коллективизации неминуемо встал бы вопрос о ликвидации Николо-Малицкого монастыря, который служит оплотом мракобесия и темноты в данном районе» (Центр документации новейшей истории Тверской области).