В описи, представленной в Коллегию экономии строителем Филимоном в 1764 г., сказано, что «при раке его ж преподобнаго Мефодия посох деревянный черный, с железным копием». В 1800 г. Московский митрополит Платон (Левшин) благословил настоятеля обители иеромонаха Макария (Брюшкова; 1788–1811 гг.) ходить с посохом Мефодия. В 1801 г. установили новую, медную, позолоченную раку, по сторонам которой были вычеканены тропарь и кондак преподобному, а также изображения храмовых праздников обители. Верхней крышкой раки служил ростовой образ Мефодия. По сведениям других историков монастыря, придел во имя Мефодия был устроен в церкви святого Сергия только в 1859 г., что косвенным образом подтверждает окончательное установление празднования памяти Мефодия только в XIX в. Деревянная часовня была перенесена на место первоначального основания обители – в дубовую рощу; в день преставления святого, который праздновался в обители 14 июня, к часовне из монастыря совершался крестный ход (ныне 4 июня считается днём преставления Мефодия, поэтому крестный ход совершается 17 июня). В монастыре находились две чтимые иконы Мефодия, одну из них пожертвовала в 1677 г. вдова ключника Н.Л. Верёвкина. В иконописных подлинниках содержится описание образа святого: «Сед, брада поменши Никоновой, ризы преподобническия»; «надсед, брада подобием Козмины, ризы преподобническия». Из Пешношского монастыря происходят некоторые памятники иконописи, книжного и прикладного искусства XV–XVI вв. В конце XVII в. монастырь утратил самостоятельность: согласно «Привилегии на Академию» 1682 г. (которая, как полагают исследователи, так и не была утверждена), он должен был быть приписан ко вновь основанной академии; в 1700 г. по приказу Петра I его приписали к Троице-Сергиеву монастырю, в 1764 г. обитель была преобразована в приход, однако в 1766 г. восстановлена по ходатайству М.И. Верёвкина. В XIX в. монастырь был известен своим строгим уставом и благочинием. В 1885 г. издали Службу Мефодию (до этого использовались списки XIX в., они находились и в других обителях). В том же году был составлен Акафист святому. В 1928 г. обитель закрыли, в августе 2007 г. началось её возрождение, братии передали храм во имя Сергия Радонежского. Летом 2014 г., после завершения реставрационных и восстановительных работ, состоялось торжественное освящение Пешношского монастыря Патриархом Московским и всея Руси Кириллом (Гундяевым).