К 1933 г. на территории Уральской области насчитывался 681 приход патриаршей церкви, в Свердловской епархии под непосредственным управлением Макария было 234 прихода. В самом Свердловске в юрисдикции РПЦ находилось три церкви. Кафедральным собором Макария был Иоанно-Предтеченский храм на Ивановском кладбище, причём патриаршей церкви принадлежал лишь подвальный левый придел с престолом в честь Сошествия Святого Духа на апостолов, куда могло вместиться не более 50–60 человек (правая часть подвального помещения принадлежала обновленцам, верхний храм – григорианам (см. Григорианский раскол)). Макарий вынужден был управлять епархией фактически в одиночку, с помощью одного секретаря – протоиерея Павла Федорина. Из-за частых арестов предшествующих правящих архиереев дела епархиальной канцелярии находились в таком беспорядке, что первоначально не было даже списков приходов и духовенства. В течение первых пяти месяцев управления епархией Макарий вместе с протоиереем Павлом Федориным приводили епархиальные дела в порядок: были заново определены границы благочиний, на должность благочинных назначены священнослужители, имевшие духовное образование, составлены лицевые книги духовенства и приходов епархии. В это же время Макарий управлял Челябинской епархией и самостоятельным Златоустовским викариатством, где тогда не было своих архиереев. После выхода указа от 17 января 1934 г. об административном разделении Уральской области на три (Свердловскую, Челябинскую и Обско-Иртышскую) и указа митрополита Сергия (Страгородского) от 28 марта того же года об изменении границ уральских епархий 167 приходов отошли к новообразованной Челябинской церковной области. С тех пор материальное положение Макария резко ухудшилось. 3 мая 1934 г. Макарий был назначен митрополитом Сергием (Страгородским) на Вятскую кафедру, однако не смог выехать к месту назначения из-за данной в Свердловске подписки о невыезде. В связи с этим он был вынужден просить митрополита Сергия (Страгородского) об оставлении его на прежнем месте служения. 11 июня того же года митрополит Сергий (Страгородский) вновь назначил его архиепископом Свердловским и управляющим Свердловской церковной области (включавшей помимо Свердловской Пермскую и Сарапульскую епархии). Также в течение нескольких месяцев Макарий управлял новообразованной Осинской епархией. К началу 1935 г. из-за продолжавшейся кампании по закрытию православных церквей в Свердловской епархии РПЦ осталось только 118 приходов. 18 марта 1935 г. Макарий был арестован по обвинению в предоставлении жилья лицам, не имевшим права на проживание в Свердловске. На допросе отрицал свою вину, заявил, что у него на квартире лишь раз останавливался его викарий епископ Варлаам (Козуля). 13 июня Макарий был приговорён к трём годам исправительно-трудовых лагерей. 29 июня уволен митрополитом Сергием (Страгородским) на покой. 28 ноября 1935 г. приговор в отношении Макария был изменен на два года ссылки в село Гайны Свердловской области (ныне посёлок в Пермском крае). 31 августа 1937 г. арестован в Гайнах и 14 сентября этапирован во внутреннюю тюрьму НКВД в Свердловске. Проходил по коллективному делу «контрреволюционной повстанческой организации церковников». На единственном допросе Макарий категорически отверг все обвинения в контрреволюционной деятельности. Был расстрелян по приговору Особой тройки при УНКВД Свердловской области от 20 октября 1937 г. Похоронен в безвестной братской могиле в районе массовых захоронений жертв репрессий близ Свердловска на 12-м километре Московского шоссе.