Особой заботой Мисаила стало выявление священников и дьяконов, действовавших без поставления. При обнаружении подобных случаев Мисаил настаивал на повторном совершении всех обрядов и таинств. Например, 24 июля 1651 г. в селе Берёзове Рязанского уезда по указу Мисаила священник Артемий был направлен заново крестить прихожан, которых крестил непоставленный «поп» Евсевий Степанов. В 1655 г. во исполнение патриаршего указа Мисаил выслал в Москву из городов Рязанской епархии «роспопов и росдьяконов…, кои овдовев, скинули с себя скуфьи и поженилися» общим числом 17 человек, которых впоследствии отправили в Троице-Сергиев монастырь. При поставлении новых священников Мисаил следил за тем, чтобы они были грамотными. Во исполнение царского указа 1652 г. Мисаил повелел целовальникам и откупщикам запечатать питейные дома по всем городам под угрозой церковного отлучения. Духовных лиц, замеченных в пороке пьянства, Мисаил удерживал с целью исправления до шести недель на архиерейском дворе. В 1650 гг. начались выступления противников церковной реформы патриарха Никона. Так, в Муроме в 1653 г. вызывал волнения среди населения священник Логгин. Мисаил сообщил об этом патриарху, после чего мятежники были вызваны в Москву и соборно осуждены, Логгин был лишён священства и сослан на заточение в Муром, где вскоре умер. Жители города обратились к Мисаилу с челобитной о возвращении опального протопопа, которая осталась без удовлетворения. В 1654 г. Мисаил приложил много усилий в борьбе с моровым поветрием – организовывал карантины и засеки, рассылал грамоты. Большое внимание Мисаил уделял внешней стороне церковного благочестия. В рязанском Архангельском соборе были украшены гробницы великих князей и княгинь. В 1653 г. по указу Мисаила в целях расширения архиерейского двора была сделана каменная пристройка к старому княжескому дворцу с западной стороны, а на втором этаже в 1653–1655 гг. устроена церковь в честь Усекновения главы Иоанна Предтечи. Вскоре Мисаил приписал к архиерейскому дому пустующую дворовую площадь, по той причине, что ему «близ алтаря Соборные и Ивана Предтечи церкви быти не пригоже и от архиепископьев хором зазорно». В Москве на ул. Лубянка по распоряжению Мисаила было построено каменное подворье рязанского архиерея с церковью и домовыми службами. В 1654 г. по его заказу в Москве золотых дел мастером Баженом Ивановым была изготовлена серебряная с позолотой водосвятная чаша весом 30 фунтов. На позолоту Мисаил приказал использовать золотую печать, считавшуюся принадлежавшей монгольскому хану Батыю, приложенную архиепископом к древнему образу апостола Иоанна Богослова в Иоанно-Богословском монастыре.