При игуменье Паисии (Нудельской) была возведена и 12 ноября 1853 г. митрополитом Филаретом (Дроздовым) освящена новая каменная церковь во имя преподобного Алексия, человека Божия, с двумя приделами – в честь Грузинской иконы Божьей Матери и преподобного Павла Латрийского. Храм был возведён по проекту архитектора Михаила Доримедонтовича Быковского (по другим данным, по проекту помощника М.Д. Быковского архитектора П.Н. Соболевского). В 1857 г. Крестовоздвиженский храм был перестроен, расширен, освящён 13 сентября 1857 г. митрополитом Филаретом (Дроздовым). Придел преподобного Алексия в Крестовоздвиженском храме был переосвящён во имя священномученика Симеона, епископа Персидского, в соответствии с желанием вкладчика генерал-лейтенанта Семёна Петровича Степанова (ум. в 1852 г.). Среди лиц, погребённых в Крестовоздвиженской церкви, – генерал-лейтенант Степанов и благотворитель Ф.Ф. Набилков (ум. в 1848 г.). 4 февраля 1871 г. настоятельницей Московского Алексиевского монастыря была назначена игуменья Антония Московская (Троилина), которая стала вводить начала общежития: учредила общую трапезу и общие работы, распорядилась отапливать кельи за счёт средств обители. 17 мая 1871 г. Дмитровский епископ Леонид (Краснопевков) совершил закладку трапезного корпуса, уже 21 ноября 1871 г. Московский митрополит Иннокентий (Вениаминов) освятил двухэтажное здание и благословил «начало общей трапезы». На первом этаже были устроены кухня, большой зал для трапезы и кельи для сестёр, служивших при ней; второй этаж занимали аптека, кельи, а также золотошвейная, живописная, чеканная и переплётная мастерские. Осенью 1871 г. игуменья Антония основала в Московском Алексиевском монастыре училище для южнославянских девочек. Училище действовало в течение 12 лет и готовило народных учительниц для южнославянских стран, находившихся в то время под турецким игом. Монастырь брал на себя полное содержание девочек, которые обучались по программе начальных городских училищ. За время существования училища были подготовлены два выпуска. На экзаменах в школе присутствовали московский генерал-губернатор князь Василий Александрович Долгоруков, член Московского славянского благотворительного комитета Н.А. Попов и др. Все они отмечали высокий уровень подготовки учащихся. В 1878 г. игуменья Антония заложила новый двухэтажный каменный корпус богадельни для престарелых сестёр и больницу с небольшой домовой церковью во имя архингела Михаила, освящённой 10 сентября 1879 г. Московским митрополитом Макарием (Булгаковым). Для расширения монастырской территории игуменья Антония приобрела у тайного советника М.П. Митькова в собственность Московского Алексиевского монастыря участок земли, прилегающий к его территории (Центральный государственный архив Москвы). С присоединением этого участка площадь Московского Алексиевского монастыря увеличилась почти вдвое. Закладка нового кладбищенского храма на приобретённой земле была совершена 22 августа 1887 г. при участии Московского митрополита Иоанникия (Руднева). 30 июня 1891 г. во вновь сооружённой церкви митрополит Иоанникий (Руднев) освятил главный престол во имя Всех святых.