В марте 1926 г. вместе с восемью другими архиереями, находившимися в Харькове, Макарий подписал обращение к заместителю патриаршего местоблюстителя митрополиту Сергию (Страгородскому; впоследствии патриарх Московский и всея Руси) о поддержке его действий против организаторов григорианского раскола. В литературе распространено утверждение о назначении Макария в конце 1925 г. управляющим Екатеринославской (с 1926 г. – Днепропетровской) епархией. Однако исследователям известно, что ещё в марте 1926 г. Макарий подписывался под документами как епископ Уманский, викарий Киевской епархии. Видимо, назначение на Днепропетровскую кафедру произошло в более поздний период (исследователи полагают, что Макарий так и не смог приступить к управлению епархией). В начале 1927 г. Макарий был приговорён к трём годам ссылки в Сибирь. Отбывал срок в Горно-Шорском районе Сибирского края. После возвращения из ссылки в 1930 г. проживал на покое в городе Вязьме Западной области. В ноябре 1933 г. переехал в Кострому, где жил в пригороде Селище, служил на своей квартире молебны и панихиды. В литературе часто указывается на принадлежность Макария к «непоминающим» – церковной оппозиции митрополиту Сергию (Страгородскому), который взял курс на достижение соглашения с советскими властями. Как архиерей, пребывавший на покое, Макарий действительно не проводил храмовые богослужения с поминовением заместителя патриаршего местоблюстителя, однако сведения о его оппозиции митрополиту Сергию (Страгородскому) и тем более об участии в структурах так называемой Истинно православной церкви (см. в ст. Истинно православные христиане) присутствуют только в материалах следственного дела НКВД, имевшего явные признаки фальсификации. Напротив, исследователям известно, что в Костроме Макарий ежедневно посещал храм во имя мученика Александра и мученицы Антонины в Селище, где за богослужением поминали митрополита Сергия (Страгородского), был дружен с настоятелем этой церкви протоиереем Павлом Острогским, чего нельзя было бы ожидать от деятеля оппозиционного церковного движения. 30 сентября 1934 г. Макарий был задержан правоохранительными органами в поезде Кострома – Москва, при аресте у него был изъят билет до Харькова. Был помещён во внутреннюю тюрьму в Иванове (в то время Кострома входила в состав Ивановской промышленной области). Проходил по одному делу с протоиереем Павлом Острогским. Макария обвиняли в том, что он был «идеологом Православной Церкви», организовывал «реакционно-враждебную часть церковников» для «активной борьбы с советской властью», поддерживал «в контрреволюционных целях» связи с единомышленниками из числа ссыльного духовенства, устроил у себя на квартире тайную домашнюю церковь и проводил там богослужения и «антисоветские сборища». 17 марта 1935 г. был приговорён особым совещанием при НКВД СССР к пяти годам ссылки в Казахстан. Отбывал ссылку на станции Уштобе Туркестано-Сибирской магистрали (ныне город Уштобе Каратальского района Алматинской области, Казахстан). Приобрёл дом, где предоставлял жильё и другим ссыльным. С февраля 1937 г. вместе с Макарием проживал Симферопольский епископ Порфирий (Гулевич). Ссыльные архиереи совершали у себя на дому богослужения, принимали желающих получить духовные наставления. 20 ноября 1937 г. Макарий и епископ Порфирий были арестованы и перевезены в Алма-Ату, где их заключили в тюрьму. Макарий не признал предъявленных ему обвинений в «антисоветской деятельности и пропаганде», в «группировании вокруг себя контрреволюционного элемента». Казнён по приговору Особой тройки УНКВД по Алма-Атинской области от 1 декабря 1937 г., погребён в безвестной могиле на полигоне НКВД «Жаналык», в 40 км от Алматы (Алма-Аты). Прославлен архиерейским юбилейным Собором РПЦ 2000 г.