Жители города Апамея после кончины своего епископа Иоанна (участника второго Вселенского Собора 381 г.) хотели, чтобы кафедру непременно занял Маркелл. Под вымышленным предлогом они пригласили его в город и почти насильно заставили принять сан. Став епископом, Маркелл прилагал особенное усердие к утверждению христианской веры, т.к. в этом регионе оставалось ещё много язычников. Когда император Феодосий I Великий приказал уничтожать языческие святилища на территории империи, Маркелл велел разорить несколько капищ в Апамее, но ни он, ни прибывший в Апамею префект не знали, как разрушить величественный и прочный храм Зевса. Маркелл послал префекта в другой город, а сам стал усердно молиться. Вскоре к епископу явился христианин, который сказал, что знает, как уничтожить святилище. Храм Зевса был обнесён с четырёх сторон пристроенным к нему портиком, состоящим из высоких и мощных колонн. Вместе с двумя помощниками христианин стал подрывать колонны вокруг и подкладывать под них древесину. Но каждый раз, когда он поджигал дрова, появлялся чёрный демон и не давал огню разгораться. Когда о происходящем узнал Маркелл, он послал в храм освящённую воду, чтобы работники окропили древесину. Живший в храме демон не вынес водоосвящения и покинул святилище, а мокрые дрова загорелись лучше сухих, в результате три подкопанные колонны упали и увлекли за собой ещё 12 и часть стены. Вскоре после этого разъярённые идолослужители схватили Маркелла и бросили в огонь. Это произошло, когда епископ отправился с небольшой свитой к древнему капищу Авлоны. Пока спутники Маркелла были заняты осадой святилища, на престарелого епископа, который остался один на некотором расстоянии от храма, напали язычники и сожгли его на костре. По расчёту болландиста Иоанна Пиния, это произошло около 389 г. Феодорит Кирский также отмечает, что Маркелл переписывался со многими, кто впоследствии пострадали за веру в Христа. В славяно-русской агиографической традиции пространные Жития Маркелла исследователям неизвестны, переведены были только краткие Жития в составе нестишного и стишного Прологов. В Великие Минеи Четьи вошло только Житие из стишного Пролога, в Четьих Минеях Димитрия Ростовского этот святой не упомянут, в «Житиях святых, на русском языке изложенных по руководству Четьих Миней Димитрия Ростовского» под 14 августа указана только память Маркелла.