Так, в июне 1653 г. Иван Неронов в письме Маркеллу просил отправить в столицу его сына Петра, заболевшего в Вологде. Александр Сергеевич Лавров предположил, что Маркелл оказывал Ивану Неронову и близким ему людям из Москвы «поддержку в их начинаниях, когда они касались Вологодчины». В этих условиях Иван Неронов начал активное строительство в Ломской Игнатиевой пустыни (Спасский монастырь) на Саре. Автор «Винограда Российского» Симеон Денисов (см. Денисовы) также отметил, что Маркелл «в своём граде никаковыя нужды, ниже гонения, ни насилия никакова о древлецерковном благочестии людем содела». Ещё до начала реформы Маркелл показал себя довольно строгим пастырем, блюстителем чистоты веры. Сохранилось немало свидетельств его нетерпимости к пьянству и другим злоупотреблениям в среде духовенства («Акты археологической экспедиции», том 4). В 1649 г. Маркелл установил жёсткие требования к иконописцам и штрафы за их нарушение: «...Иконы на Вологде в… иконном ряду выменивать и променивать письма добрых мастеров…, а плохих мастеров иконников… не меняти, и в лавках… не держати… с собою на ярманки не возити». В 1650 гг. Маркелл исправно проводил все церковные реформы, предписанные Соборами и патриархом. Бо́льшую часть 1660 г. Маркелл также провёл в Москве. С 16 февраля по 14 августа проходил Собор, где решался вопрос об оставлении патриаршего престола Никоном (Миновым); в нём участвовал и Маркелла. По указанию Собора Маркелл вместе с Рязанским архиепископом Иларионом, Псковским архиепископом Макарием, архимандритом чудовским Павлом и игуменом Александрова монастыря Симоном подготовил выписку из правил святых апостолов и святых отцов с целью рассмотрения вопроса «об отшествии бывшего патриарха Никона». Собор принял решение о правомерности избрания нового патриарха. Одновременно в марте-августе 1660 г. проходили заседания по делу Суздальского архиепископа Стефана, обвинённого священником Никитой Добрыниным в нарушении церковных правил. Подписи Маркелла стоят на двух сохранившихся приговорах Собора по делу Стефана (Исторический музей). Ещё в марте 1663 г., накануне кончины, Маркелл готовил ответ на царский запрос по этому делу (Российская национальная библиотека). Маркелл был одним из наиболее активных епархиальных архиереев своего времени. В 1649 г., во время строительства соборной каменной церкви в Кирилловом Новоезерском в честь Воскресения Христова монастыре, были открыты мощи Кирилла Новоезерского. По царскому и патриаршему указам Маркелл лично отправился в обитель для их освидетельствования. Сохранился дневник, который вёл Маркелл во время своего путешествия в Новоезерскую обитель («Вологодские епархиальные ведомости»). Маркелл выехал из Вологды 1 ноября, посетил Сямский в честь Рождества Пресвятой Богородицы монастырь и Кириллов Белозерский в честь Успения Пресвятой Богородицы монастырь и 7 ноября был в Новоезерском монастыре. В записке патриарху Иосифу он сообщил, что в присутствии старцев монастыря велел «с гроба… землю очистить и тот гроб роскрыти и мощей и одежд досмотря перенести в древяную церковь и устроить, покаместа новая каменная церковь совершится» («Вологодские епархиальные ведомости»). 13 ноября, возвращаясь в Вологду, Маркелл посетил Спасо-Каменный в честь Преображения Господня мужской монастырь, в котором спустя несколько месяцев (10 июня 1650 г.) по благословению Маркелла часть мощей Иоасафа Каменского была перенесена в гробницу у южных ворот соборной церкви в честь Преображения Господня.