Король предложил созвать для обсуждения вопроса Собор епископов Киевской митрополии ко дню Крещения Господня 1541 г., причём недовольные решением могли жаловаться королю. 20 июля 1541 г. решение было принято в пользу Полоцкого епископа, т.к. ещё 5 июля 1511 г. Полоцкий епископ подтвердил своё первенство перед Владимиро-Волынским («Акты Западной Руси», том 2). Исследователям известно также предписание 1546 г. Сигизмунда I Макарию II о созыве в Вильно в день Вознесения Господня Собора епископов Киевской митрополии для обсуждения темы борьбы с различными пороками, получившими распространение как среди духовенства, так и среди светских людей. В 1536 г. по требованию Макария II ему была представлена информация о спорах в Супрасльском в честь Благовещения Пресвятой Богородицы монастыре по поводу порядка совершения богослужения, но о последующих действиях митрополита исследователям ничего не известно. Во время правления Макария II православные в Киевской митрополии не подвергались гонениям, хотя в части митрополии, входившей в состав Польского королевства, сохранялся ряд принятых в предшествующие годы ограничений прав православных (там сохранился достаточно многочисленный и влиятельный слой православной знати и шляхты). Притом что в первой половине XVI в. заметно увеличилось количество католических приходов на территории современной Западной Белоруссии (около 90 к середине XVI в.), росло и число православных храмов, при поддержке благочестивых князей и панов основывались обители в Витебске, Новогрудке и Пинске. Предпринимавшиеся в начале XVI в. попытки ослабить опеку правителей и светских патронов над церковными учреждениями (кафедрами, монастырями, храмами) не привели к успеху. Король Сигизмунд I, хотя и пытался принимать меры по укреплению дисциплины и порядка в среде духовенства, часто использовал своё «право подаванья» для возведения на кафедры лиц (в ряде случаев светских) по протекции или в качестве вознаграждения за оказанные услуги. Уже в 1540 гг. один из таких иерархов, Полоцкий архиепископ Симеон III, обвинялся в том, что присваивает себе доходы находящихся под его опекой монастырей. Такие же случаи наблюдались среди светских патронов. Ряд фактов такого рода зафиксирован в волынской ревизии 1545 г. Вместе с тем коллективная жалоба на Полоцкого архиепископа показывает исследователям, что в православном обществе стало проявляться недовольство ситуацией, ведущей к расстройству церковной жизни. Макарий II активно поддерживал православных в Западной Руси: от его имени получили привилеи Успенское и Благовещенское братства в 1542 г., а Никольское – в 1544 г. Митрополит добивался от короля Сигизмунда I, чтобы тот подтвердил универсал (по сути, общеземский привилей) польского короля Владислава III Варненчика от 1443 г., который гарантировал широкий спектр прав и привилегий православной церкви на территории Короны Польской и Великом княжестве Литовском. Несмотря на все попытки, Макарию II не удалось противостоять процессу ущемления в государстве Ягеллонов прав и автономии православной церкви, которые начали девальвироваться на фоне политического давления католиков и развития в стране протестантизма. В 1551 г. преемником Макария II был назначен Сильвестр (Белькевич).