Каноники воспротивились также процедуре канонического избрания (утверждения) Бернарда Мацеёвского диоцезальным Собором. В итоге решением Папского престола Бернард Мацеёвский был уволен с Виленской кафедры «для блага Церкви» (21 апреля 1598 г.). Позднее епископом Виленским стал местный шляхтич Бенедикт Война (1600–1615 гг.). После кончины кардинала Ежи Радзивилла 23 мая 1600 г. Бернард Мацеёвский был назначен на Краковскую епископскую кафедру. Активный деятель Контрреформации в Польше, сторонник решений Тридентского собора (1545–1563 гг.), Бернард Мацеёвский в 1601 г. провёл в Кракове первый за несколько лет диоцезальный Собор, в 1601–1603 гг. посетил с визитацией большинство приходов своего диоцеза. В Краковском епископстве основал несколько монашеских общин; в 1602 г. открыл в Кракове духовную семинарию. На консистории 9 июня 1604 г. папа Римский Климент VIII объявил о назначении Бернарда Мацеёвского кардиналом; 7 января 1605 г. Бернард Мацеёвский получил титул кардинала-пресвитера римской церкви Сан-Джованни-а-Порта-Латина. В марте 1604 г. Бернард Мацеёвский, двоюродный брат сандомирского воеводы Юрия (Ежи) Мнишека, встречался в Кракове с Лжедмитрием I и вручил ему книгу о необходимости объединения церквей. В ноябре 1605 г. провёл обряд обручения Марины Мнишек с представителем Лжедмитрия I дьяком Афанасием Власьевым, русским послом в Польше. 31 июля 1606 г. папа Римский Павел V (1605–1621 гг.) по просьбе короля Сигизмунда III назначил Бернарда Мацеёвского на митрополичью кафедру Гнезненского архиепископства, являвшегося центром Польской церковной провинции. После того как Бернард Мацеёвский стал примасом Польши, король запретил ему собирать доходы с Краковского епископства. Также Бернарду Мацеёвскому было запрещено использование церковного балдахина (это являлось почётной привилегией папского легата). Отношения Бернарда Мацеёвского с королём ухудшились. Кардинал тайно поддерживал мятежников во время выступления шляхты против Сигизмунда III («рокош Зебжидовского», 1606–1609 гг.). В октябре 1607 г. Бернард Мацеёвский провёл в Пётркуве Собор церковной провинции Гнезно. Из книжного собрания Гнезненского архиепископа происходит книжный кодекс, известный как «Библия Бернарда Мацеёвского» (или «Библия Людовика IX Святого», или «Библия Крестоносца», 1240 гг.). Рукопись содержит 283 иллюстрации к первым книгам Библии – от Творения до царствования Давида (1 Цар.). В циклах миниатюр особо выделена жизнь царей Саула и Давида; уникальным исследователи называют детализированный характер изображения батальных сцен (21 иллюстрация). В сентябре 1604 г. Бернард Мацеёвский передал рукопись папской делегации, направлявшейся с визитом к персидскому шаху Аббасу I (1587–1629 гг.). Шах, получив рукопись в январе 1608 г., заказал персидский перевод большинства латинских пояснительных надписей. Позднее к этому тексту добавились иудео-персидские надписи (выполненные на персидском языке еврейскими буквами). В настоящее время бо́льшая часть кодекса хранится в библиотеке Пирпонта Моргана в Нью-Йорке, два листа – в Национальной библиотеке Франции в Париже, один лист – в Музее Гетти в Лос-Анджелесе.