В 1530 г. монастырь получил статус ставропигиального от Константинопольского патриарха Иеремии I (1522–1546 гг.) и именовался ставропигиальным и патриаршим в сигиллиях Константинопольских патриархов 1540, 1546, 1585 гг. По мнению исследователей, это противоречит сведениям, известным из письма митрополита Даниила Эфесского (1487 г.), но, по мнению исследователей, в какой-то момент Марсиниотисса утратил этот статус. В 1536 г. монастырь был расширен и отремонтирован, в 1537 г. – обнесён стенами. В «Завещании» преподобного Игнатия Агаллиана (1530 г.) сохранились имена первых насельниц: кафигумения Макария, Афанасия Родитисса, Дометиана Родитисса, Марфа, Евгения, Мария Политисса, другого Афанасия. При монастыре были основаны школа ткачества и золотого шитья для девушек из Каллони, а также тайная женская школа. В том же завещании преподобный Игнатий утвердил киновиальный устав монастыря, возложил управление на игумена монастыря Лимонос, а также ввёл запрет на вход мужчин, за исключением престарелого иеромонаха для совершения службы. В завещании 1565 г. он назначил игуменью монастыря надзирать над монахинями и распределять послушания. В этом документе подтверждены общежительный устав и соблюдение монахинями строгого поста; в уставе также отмечено, что основным послушанием монахинь помимо сугубо религиозных должно быть огородничество. В письме 1700 г. Константинопольского патриарха устанавливается строгая система запретов на выход из монастыря. Насельницам не разрешены даже сбор трав и оливок вне монастыря, работа в винограднике, покупка шерсти для рукоделия, визиты к родственникам и присутствие на крестинах. Обо всех связях с внешним миром должна была заботиться игуменья. В 1775 г. Константинопольский патриарх Софроний II запретил монахиням посещать общую баню и велел снести это недавно построенное здание. Письмо 1777 г. свидетельствует о том, что это требование патриарха было выполнено. В 1816 г. была отремонтирована северо-восточная стена, в 1826 г. была разрушена при пожаре и отстроена заново примерно половина келий, в 1859 г. отреставрирована северная стена келейного корпуса. Большие разрушения Марсиниотисса получил во время землетрясения 1867 г., но на средства монастыря Лимонос монашеские кельи были отстроены. Во время пожара 1915 г. сгорели кельи и собор, но хранившаяся в нём икона не пострадала. В 1917 г. был построен новый кафоликон. Последние десять лет в Марсиниотиссе идут строительные работы: преобразована трапезная, отремонтированы все северные и часть южных келий, сооружены церковь великомученицы Екатерины, кухня, гостиница для паломников и вспомогательные постройки. В 2016 г. в Марсиниотиссе подвизались четыре монахини, игуменьей была Ксения.