5 августа 1919 г. Леонид в открытом послании ответил на письмо патриарха всея России Тихона (Беллавина), направленное 29 декабря 1917 г. Кириону III (II), Садзаглишвили, Леониду и другим грузинским архиереям, в котором Тихон (Беллавин) признавал правомерность постановки вопроса о восстановлении автокефалии Грузинской православной церкви, но осудил самочинный характер этого деяния (на основе 9-го, 13-го и 16-го правил Антиохийского Собора). Леонид указал на незаконное и насильственное упразднение автокефалии Грузинской православной церкви в 1811 г. светской властью. Католикосы-патриархи Кирион III (II) и Леонид обращались к Константинопольскому патриарху Василию II, Римскому папе Бенедикту XV, католикосу всех армян Геворгу V, однако поддержки не получили. В 1920 г. в Тифлис прибыл представитель Римско-католической церкви, который предложил Леониду признать главенство Римского папы. Несмотря на отказ, в том же году Ватикан назначил епископа Натали Габриэле Мориондо (в 1921 г. – епископ Адриан Сметса) своим представителем на Кавказе и в Крыму и прислал в Грузию под видом археологов и палеографов группу иезуитов для пропаганды католицизма (действия Ватикана не увенчались успехом, и в 1924 г. епископ Адриан Сметс покинул Грузию). Леонид стремился к единству церкви и грузинского общества. В октябре 1919 г. он с пастырским визитом посетил Сухумо-Абхазскую епархию Грузинской православной церкви, встретился с паствой, грузинскими военными, призывая к объединению во имя государственных интересов. 25 февраля 1921 г. Тифлис был занят войсками Красной армии, в городе была установлена власть большевиков. Леонид временно перенёс резиденцию в Кутаис, взяв с собой наиболее значимые святыни Грузинской православной церкви. 13 апреля вернулся в столицу. 15 апреля Ревком Грузии объявил Грузинскую православную церковь незаконной организацией. Началась конфискация имущества Грузинской православной церкви, храмы и монастыри закрывали в административном порядке, духовенство преследовали. Леонид вместе с паствой переживал тяготы времени. Когда в Тифлисе была эпидемия холеры, и было трудно найти чистую воду, келейники предложили Леониду принести воду из источника, на что он ответил: «Я буду пить ту же воду, что и мои духовные чада». Он заразился холерой и скончался 11 июня 1921 г., был похоронен в кафедральном соборе Сиони в Тифлисе, на похоронах присутствовали несколько сотен человек. В Грузии и Грузинской православной церкви существует особое отношение к Леониду: в условиях разрыва молитвенного общения с Русской православной церковью и другими церквами, несмотря на влияние Запада, смену курса гражданской власти и гонения на церковь, он сумел сохранить автокефалию Грузинской православной церкви. В конце XX – начале XXI вв. в грузинской периодике и в виде отдельных изданий были опубликованы многие проповеди Леонида, его полемические и исторические сочинения.