Затянувшийся на несколько месяцев конфликт удалось решить только после вмешательства короля, который благодаря влиянию Ричарда Нила 29 августа 1611 г. утвердил избрание Уильяма Лода в новой должности. Уильям Лод уделял особое внимание хозяйственным делам, значительно улучшив состояние колледжа, в том числе благоустроил часовню, где появились новые витражи и хоры; в часовне стали регулярно петь гимны, что осуждалось пуританами. Благодаря протекции Ричарда Нила, в то время епископа Линкольнского, Уильям Лод в 1610 гг. получил несколько важных назначений: в апреле 1614 г. – пребенду Бакден в линкольнском соборе, 1 декабря 1615 г. – архидиаконство Хантингдон. В конце 1616 г. король сделал его деканом собора в Глостере, а в январе 1621 г. Уильям Лод получил пребенду в Вестминстере. Покровительство Ричарда Нила неоднократно позволяло Уильяму Лоду избежать обвинений в католических воззрениях. Так, в проповеди в последнее воскресенье перед постом в 1615 г. Уильям Лод заявил, что пресвитериане так же опасны для церкви, как и паписты, за что Роберт Аббот, старший брат архиепископа Кентерберийского и президент Бейллиол-колледжа, в своей пасхальной проповеди обвинил его в недостаточной приверженности протестантизму и скрытом католицизме. Это дело рассматривал король, и Уильям Лод был оправдан, Роберта Аббота обязали принести извинения. Негативную реакцию паствы и епископа М. Смита вызвали перемены в глостерском соборе в конце 1616 – начале 1617 гг.: Уильям Лод (по его словам, по поручению короля) приказал перенести стол для причастия из средней в восточную часть храма и обязал прихожан кланяться при приближении к нему. В разбирательстве при дворе Уильям Лод вновь был оправдан и даже включён в число священников, которые должны были сопровождать короля в поездке в Шотландию в 1617 г. Там, как полагают исследователи, он вновь критиковал пресвитериан, чем вызвал недовольство местного духовенства. После отказа шотландского парламента ратифицировать Пертские статьи (Five Articles of Perth) Уильям Лод призывал Якова I найти другие пути для сближения богослужения Церкви Шотландии с английским (Пертские статьи были ратифицированы в 1621 г.). В 1621 г. Уильям Лод рассматривался как возможный кандидат на должность нового декана Вестминстера (исследователи полагают, что по протекции Ричарда Нила), 18 ноября он стал епископом Сент-Дэйвидсским и в том же году отказался от руководства Сент-Джонс-колледжем. Он приезжал в свой диоцез в 1622 и 1625 гг., в основном, находился в Лондоне при дворе. Вопреки существующему мнению о недоброжелательном отношении к нему Якова I, в этот период Уильям Лод неоднократно проповедовал при дворе и получил от монарха ряд должностей и привилегий (ректорство Радбакстон в графстве Пемброкшир в Уэльсе, разрешение сохранять пребенду в Вестминстере и др.). В апреле 1622 г. король попросил его соучастия в том, чтобы убедить графиню Бакингем, мать королевского фаворита Джорджа Вилльерса, маркиза Бакингема (с 1623 г. – герцог Бакингема), не принимать католицизм.