Уильям Ли, Джеймс Уиттекер и Джеймс Шепард нашли работу в городе Олбани. Анна Ли и Абрахам Стенли поселились в городе Нью-Йорке на Перл-стрит в доме кузнеца Смита; Абрахам работал у него же подмастерьем, Анна – уборщицей и прачкой. В конце лета 1775 г. Абрахам тяжело заболел, Анна выхаживала его, как могла. Когда же он поправился, вместо благодарности снова стал пьянствовать и оскорблять Анну, отказался от религии шейкеров, а потом привёл в дом молодую женщину и сказал Анне, что возьмёт ту женщину в жёны. Анна ответила, что никогда больше не будет с ним иметь никаких отношений, а эта молодая больше ему подойдёт по характеру. Абрахам ушёл с той женщиной и вскоре действительно женился на ней, Анна навсегда рассталась с мужем и остаток жизни посвятила общине шейкеров. Из прибывших вместе с Анной Ли ещё двое (Нэнси Ли и Ричард Хокнилл) покинули эту общину, потому что влюбились друг в друга и не пожелали соблюдать целибат. В 1776 г. Анна Ли с оставшимися последователями начала строить первое поселение шейкеров, которое назвали «Нискаюна» («Niskayuna») – по индейскому названию той местности. Сейчас это место называется «исторический шейкерский район Ватерфлит»; оно находится на территории города Колони (округ Олбани, штат Нью-Йорк, США). Там Анна Ли прожила последующие три с половиной года. Летом 1776 г. Анна Ли и её последователи были арестованы уже американскими властями по обвинениям в скрытой враждебности, т.к. по религиозным соображениям отказались давать присягу, в конце того же года были освобождены по воле губернатора штата. В мае 1781 г. вместе с несколькими Старшими Братьями и Сёстрами Анна Ли отправилась в город Гарвард штата Массачусетс и дальше по восточным штатам (Новой Англии) в миссионерское путешествие, в котором провела два года и четыре месяца, обратила многих людей. Новые шейкеры появились в городах Новый Ливан и Канаан штата Нью-Йорк, Питсфилд, Ричмонд, Эшфилд, Гарвард, Ширли штата Массачусетс, а также в округе Хэнкок штата Индиана, в штатах Конектикут, Нью-Гэмпшир  и Мэн (тогда ещё часть Массачусетса), и в других местах. В 1783 г. Анна Ли вернулась в первое шейкерское поселение и больше не покидала его. 8 сентября 1784 г. она умерла и была похоронена там же. Исследователи нашли совсем немного записей об Анне Ли, сделанных при её жизни, и сведения из них скудные. Современным биографам приходится использовать в качестве источников информации книги о ней, изданные через десятилетия после её смерти. Эти книги написаны на основе интервью с современниками Анны Ли, и представляют собой детальное описание её жизни. Но все они написаны верующими шейкерами, что заставляет исследователей сомневаться в беспристрастности и непредвзятости изложения. Никаких прижизненных портретов Анны Ли исследователи не обнаружили, и о её внешности мало что известно. Питер Бишоп из города Монтей штата Массачусетс отзывался об Анне Ли как о самой красивой женщине из всех, которых он когда-либо видел. Другие говорили об очаровательных голубых глазах и «внутреннем сиянии», о том, что её красота была не поверхностной, а более глубокой. Третьи – что внешне Анна Ли не особо выделялась среди окружающих женщин, хотя многие считали её красивой; была довольно плотного, но правильного телосложения, низкорослой, физически крепкой и довольно сильной, с правильными чертами лица, голубыми глазами и светло-каштановыми волосами. Исследователи предполагают, что портрет был «психометрически написан» неким Миллесоном из Нью-Йорка в 1871 г., через десятки лет после смерти Анны Ли. Многие шейкеры XIX в. почитали его подлинным, но никаких независимых подтверждений этому нет.