При поверхностном и вульгарном подходе к искусству, как прежде всего форме художественной пропаганды той или иной идеологии, А.В. Луначарский всё же признавал высокую эстетическую ценность религиозных памятников и принимал практические меры по сохранению их как важной части историческо-культурного наследия. В конце 1920 гг. в стране был снова взят курс на ужесточение антирелигиозной борьбы. С одной стороны, А.В. Луначарский поддерживал меры по усилению давления на церковь и духовенство, в том числе административными методами. 5 июня 1928 г. Наркомпрос принял постановление о взимании повышенной платы за обучение в средней школе детей служителей религиозных культов, что фактически лишало семьи священнослужителей права на образование. С другой стороны, руководство Наркомпроса в ряде случаев пыталось отстаивать право самостоятельно вырабатывать методику атеистической работы в школе. Так, заместитель наркома просвещения Н.К. Крупская при поддержке А.В. Луначарского осуждала проявления в школе грубой антирелигиозной пропаганды и выступала за сохранение ранее одобренного коллегией Наркомпроса принципа «безрелигиозного воспитания», тогда как сторонники более решительной борьбы с церковью требовали заменить его принципом «антирелигиозного воспитания». 2 октября 1928 г. Центральный совет Союза безбожников в резолюции о работе среди детей и юношества подверг позицию Н.К. Крупской резкой критике. Кроме того, в резолюции говорилось: «Громадный вред делу антирелигиозного воспитания принесло также выступление тов. Луначарского на юбилейном вечере в Яснополянской школе имени Толстого». В следующем году А.В. Луначарский в статье «Антирелигиозная борьба в школе» (Известия. 1929 г. 29 марта) выступил с объяснениями по поводу выражения «безрелигиозное воспитание» из методического письма Наркомпроса 1925 г. В новых условиях это выражение признавалось устаревшим: «С тех пор ушло достаточно времени, которым советская власть, партия и пролетариат воспользовались для общего продвижения социалистического строительства, и больше чем пора пересмотреть эти позиции». Изменение ситуации в стране, писал А.В. Луначарский, «обязывает нас перейти в наступление, гораздо более решительное». Прежде всего, речь шла об очищении школы от верующих учителей: «Наркомпрос отнюдь не провозглашает систематической чистки учительства в смысле немедленного устранения всех верующих учителей, но он твёрдо заявляет, что верующие учителя в советской школе есть некоторое нелепое противоречие, и что отделы народного образования обязаны пользоваться всякой возможностью замены таких учителей новыми, настроенными антирелигиозно». Это, в том числе, связывалось с возложенной на учительство обязанностью применять «решительные методы борьбы с религией», уклонение от них расценивалось как «дезертирство с антирелигиозного фронта». Раньше А.В. Луначарский обосновывал умеренную позицию Наркомпроса тем, что «установка на «безрелигиозную» школу дана была никем иным, как В.И. Лениным».