11 ноября Экон посетил апостольский визитатор кардинал Эдуар Ганьон, который составил хвалебный отзыв о семинарии. По итогам переговоров 5 мая 1988 г. в Риме кардинал Йозеф Ратцингер и Марсель Франсуа Лефевр подписали совместный протокол о достигнутых соглашениях: Лефевру разрешалось совершить рукоположение епископа для братства святого Пия X, но только после канонического признания братства Папским престолом. Вечером того же дня Лефевр попросил назначить точную дату, когда ему разрешат рукоположить епископа, и, не получив однозначного ответа, он сообщил кардиналу Йозефу Ратцингеру о своей обязанности «по совести» совершить епископское рукоположение 30 июня. После очередных переговоров 24 мая Марсель Франсуа Лефевр в ультимативной форме потребовал назначить точную дату епископского рукоположения, высказав подозрение, что подлинной целью этих переговоров является затягивание процесса официального признания братства святого Пия X. 30 мая кардинал Йозеф Ратцингер ответил Лефевру, что необходимо согласовать с Папским престолом кандидатуру будущего епископа. 2 июня Марсель Франсуа Лефевр отправил письмо папе Иоанну Павлу II, в котором выразил сожаление, что время искреннего и эффективного сотрудничества братства с Папским престолом ещё не пришло, и сообщил, что он готов совершить епископское рукоположение, не дожидаясь официального признания братства. 9 июня папа Иоанн Павел II призвал Лефевра отказаться от этого намерения, которое будет считаться актом церковного раскола. 30 июня 1988 г. Марсель Франсуа Лефевр и епископ Антониу де Кастро Майер в присутствии больше 10 тыс. мирян и 300 священников совершили в Эконе рукоположение четырёх епископов. Церемония ещё не завершилась, когда в Ватикане в зале для прессы было объявлено об отлучении latae sententiae (в силу совершения незаконного деяния) шести епископов. 1 июля префект Конгрегации по делам епископов кардинал Бернарден Гантен издал декрет «Dominus Marcellus Lefebvre» об отлучении от церкви Марселя Франсуа Лефевра, епископа Антониу де Кастро Майера и четырёх рукоположённых ими епископов. 2 июля папа Иоанн Павел II опубликовал motu proprio «Ecclesia Dei adflicta», в этом документе действия Марселя Франсуа Лефевра были расценены как «схизматический акт», а сторонники Лефевра обвинялись в «неполном и внутренне противоречивом понимании Предания», в отрицании его живого характера и преемственности, существующей в учении второго Ватиканского Собора. Тем же документом папа организовал специальную папскую комиссию «Ecclesia Dei», под руководством которой были созданы сообщества клириков и монашествующих, «привязанных к некоторым старым литургическим и дисциплинарным формам латинской традиции». Сам Марсель Франсуа Лефевр и его последователи отказались признать церковное отлучение и продолжали считать себя в единстве с католической церковью. Впоследствии по распоряжению папы Римского Бенедикта XVI декретом Конгрегации епископов от 21 января 2009 г. с четырёх рукоположённых Лефевром епископов-традиционалистов церковное отлучение было снято. Марсель Франсуа Лефевр погребён в крипте семинарской часовни в Эконе.