18 мая 1922 г. обновленческие иереи Александр Иванович Введенский, Евгений Христофорович Белков и Сергей Владимирович Калиновский вручили патриарху Тихону (Беллавину) прошение о временной (до прибытия в Москву назначенного патриархом местоблюстителем Ярославского митрополита Агафангела (Преображенского)) передаче им ведения дел в патриаршей канцелярии. Патриарх наложил резолюцию, поручавшую подавшим прошение лицам принять и передать синодские дела митрополиту Агафангелу (Преображенскому) после его приезда в Москву, а московские епархиальные дела – Клинскому епископу Иннокентию (Летяеву), а до его прибытия – Леониду (Скобееву). Обновленцам было известно, что ГПУ не допустит приезда в Москву ни митрополита Агафангела (Преображенского), ни епископа Иннокентия (Летяева). Обновленцы представили патриаршую резолюцию о синодских делах канцелярии как акт передачи им высшей церковной власти, а поручение патриарха Леониду (Скобееву) временно заведовать московскими епархиальными делами – как его назначение управляющим Московской епархией. Вечером 18 мая Леонид (Скобеев) был избран председателем обновленческого Высшего церковного управления (ВЦУ), но фактически не имел никаких полномочий. На следующий день признанным главой ВЦУ стал примкнувший к обновленцам епископ Антонин (Грановский), в июне Леонид (Скобеев) упоминался уже как рядовой член ВЦУ. Вместе с епископом Антонином (Грановским) провёл первые обновленческие «хиротонии» без предварительного пострижения в монашество. 18 июня был возведён в «архиепископа Крутицкого», но вскоре лидеры обновленцев приняли решение об удалении его из Москвы. 6 июля Леонид (Скобеев) был назначен «архиепископом Пензенским и Саратовским». В Пензе заключил соглашение с «епископом» Иоанникием Смирновым, «хиротонисанным» Владимиром (Путятой); сумел захватить несколько городских храмов, в том числе Покровскую церковь. Согласно отчёту ГПУ, не пользовался в епархии авторитетом: «Пензенцам он известен по настоятельствованию в одном из монастырей, где зарекомендовал себя пьянством, распутством и т.д.». 4 октября 1922 г. ВЦУ было вынуждено перевести Леонида (Скобеева) на Орловскую кафедру, а 26 марта 1923 г. он был уволен на покой. Был участником обновленческого «Поместного собора» в мае 1923 г., подписал постановление о лишении патриарха Тихона (Беллавина) духовного сана и монашества. 4 мая Леонид (Скобеев) был в числе обновленческой делегации, допущенной властями к арестованному патриарху для вручения грамоты о лишении его сана, при этом лично требовал от Тихона (Беллавина) снять священнические одежды. В дальнейшем проживал в Москве. В январе 1925 г. участвовал в организованном обновленческим синодом совещании по выработке программ духовных учебных заведений. В октябре того же года участвовал во втором обновленческом «Поместном соборе» в Москве. 25 сентября 1928 г. был возведён обновленческим синодом в сан «митрополита». В марте 1931 г. в связи с 80-летием назначен почётным членом обновленческого синода. Скончался вне общения с канонической церковью. Похоронен на московском Ваганьковском кладбище.