Докладывая в Москву, А.С. Гуськов сообщал, что он «вторично потребовал прекращения Лукой оказания материальной помощи... как грубое нарушение советских законов... Сейчас принимаю все меры к выявлению подачек со стороны Луки бедным и школьникам и... ещё раз буду ставить вопрос перед Советом о переводе Луки в заштат». В мае 1959 г. Лука доложил Синоду о «некоторых обстоятельствах, осложняющих и затрудняющих управление епархией». Речь шла о вмешательстве местных властей в жизнь приходов, о закрытии церквей в нарушение советских законов, об угрозах священнослужителям и членам приходских советов со стороны государственных органов. Перечень конкретных примеров злоупотреблений представителей власти был передан патриархом Г.Г. Карпову, который был вынужден провести в июне того же года проверку действий своего представителя в Крыму. Совет по делам РПЦ признал часть злоупотреблений местных властей, приведённых Лукой, уполномоченному совета в Крыму А.С. Гуськову было сделано замечание о неудовлетворительной работе и о нарушениях законодательства при закрытии церквей. Тем не менее, незаконно закрытые храмы не были открыты. Совет по делам РПЦ вновь потребовал от Московской патриархии отправить Луку на покой. В 1961 г. светские власти навязали церкви реформу, согласно которой духовенство отстранялось от руководства приходской жизнью. 18 апреля Синод был вынужден принять постановление о переходе управления финансово-хозяйственной деятельностью прихода от настоятеля к руководству приходского совета (обычно полностью подконтрольному местным властям). Лука крайне негативно воспринял происходящие перемены. Он писал: «Я чрезвычайно захвачен и угнетён крайне важными событиями в Церкви Русской, отнимающими у всех архиереев значительную часть их прав. Отныне подлинными хозяевами церкви будут только церковные советы и двадцатки, конечно в союзе с уполномоченными. Высшее и среднее духовенство останутся только наёмными исполнителями богослужений, лишёнными большей части власти в распоряжении церковными зданиями, имуществом и деньгами. Вы понимаете, конечно, что я не могу сейчас думать ни о чём другом...» Окончательное утверждение приходской реформы произошло на архиерейском Соборе 18 июля 1961 г., уже после кончины Луки в день памяти Всех святых, в земле Российской просиявших. Отпевание Луки в Симферополе возглавил Тамбовский и Мичуринский епископ Михаил (Чуб; впоследствии архиепископ). На похоронах присутствовали всё духовенство епархии и, вопреки стараниям властей, многие тысячи верующих. Погребение было совершено на первом Симферопольском кладбище, справа от кладбищенского храма. Могила Луки вскоре стала местом паломничества. 22 ноября 1995 г. он был причислен к лику местночтимых святых Крымской епархии. 18 марта 1996 г. были обретены его святые мощи и 20 марта перенесены в кафедральный Свято-Троицкий собор Симферополя. Прославлен для общецерковного почитания архиерейским юбилейным Собором РПЦ 2000 г. в сонме новомучеников и исповедников Церкви Русской.