Кроме того, А.И. Львову приходилось объявлять Синоду не новые Высочайшие указы, а лишь сообщённые ранее, но неисполненные (например, указ 1754 г. об обязательном назначении великороссов на вакансии архиереев и архимандритов). Трижды с начале мая до начала июля 1754 г. А.И. Львов предлагал Синоду опубликовать и разослать во все его учреждения инструкцию обер-прокурору от 13 июня 1722 г. (не действовала в части местного надзора), намереваясь создать предусмотренный ею институт прокуроров в епархиях. Но предложение А.И. Львова было проигнорировано членами Синода и архиереями. Члены Синода часто оставляли А.И. Львова в неведении относительно своих постановлений и распоряжений, делавшихся «по домам» (указом от 8 октября 1755 г. императрица Елизавета Петровна осудила эту практику). На заседании Синода 17 марта 1757 г. А.И. Львов был обвинён Переславль-Залесским и Дмитровским епископом Амвросием (Зертис-Каменским; считал А.И. Львова врагом, который «не ест, не спит, но того ищет, как бы всё в помешательство привести») в неоднократных задержках у себя с 1754 г. с целью вымогания взяток синодальных определений, касавшихся выделения средств на ремонт монастырей, в том числе Данилова во имя преподобного Даниила Столпника московского, Иосифова Волоколамского, Карачевской Тихоновой пустыни. Соответствующий «всеподданнейший доклад» Синода был представлен 18 апреля 1757 г. 11 июля того же года А.И. Львов был обвинён епископом Амвросием (Зертис-Каменским) в подстрекательстве к неповиновению монастырских крестьян Переславль-Залесской епархии; 17 июля императрице подан доклад Синода с просьбой не принимать от А.И. Львова ни словесные, ни письменные предложения. Синод добился того, чтобы А.И. Львов был уволен императрицей. 29 декабря 1757 г. через своего духовника протоиерея Феодора Дубянского императрица Елизавета Петровна распорядилась представить ей новых кандидатов на замещение обер-прокурорской должности. Высочайшим указом от 17 апреля 1758 г. на место А.И. Львова был назначен князь Алексей Семёнович Козловский. 20 апреля 1762 г. А.И. Львов был уволен со службы с чином тайного советника. А.И. Львов владел имениями в Московской, Белгородской и Архангелогородской губерниях, в том числе деревнями Сатарово, Чигасово и Хлюпино (современный Одинцовский район Московской области), записанными на имя его супруги Веры Никифоровны (во владении Львовых находились до 1848 г.). Последние годы жизни провёл в имении Глыбочка Карачевского уезда Орловского наместничества, где в 1769–1777 гг. построил каменную Успенскую церковь (не сохранилась). В этом храме и был погребён. Имел сыновей Николая (род. в 1747 г.), служившего солдатом в Преображенском полку, затем – карачевского помещика (его дочь Екатерина была замужем за санкт-петербургским военным генерал-губернатором, членом Государственного совета, генералом от инфантерии Петром Кирилловичем фон Эссеном), и Александра (1755–1798 гг., похоронен в московском монастыре Донской иконы Божьей Матери).