В апреле 1993 г. Лазарь обратился с письмом к предстоящему зарубежному архиерейскому Собору, в котором заявил об отказе исполнять указания Синода РПЦЗ, поскольку «Истинно-православная катакомбная церковь» и РПЦЗ являются двумя равноправными частями «Поместной Российской Православной Церкви». В мае того же года архиерейский Собор РПЦЗ определил Лазаря на покой до полного раскаяния, однако он не подчинился этому решению. В июле 1993 г. организованный Лазарем в Одессе «съезд духовенства» РИПЦ заявил о переходе к самоуправлению при сохранении церковно-канонического единства с РПЦЗ. В ответ Синод РПЦЗ запретил Лазаря в священнослужении. Организация Лазаря, принявшего титул «архиепископ Одесский и Тамбовский», получила государственную регистрацию на Украине как «Одесское епархиальное управление РИПЦ». В марте 1994 г. вышедшие из подчинения Синода РПЦЗ Лазарь и Валентин (Русанцов) объединили свои структуры в «Высшее временное церковное управление Российской православной свободной церкви», председателем которого стал Лазарь. В декабре 1994 г. на архиерейском Соборе Зарубежной церкви Лазарь и Валентин (Русанцов) подписали «Акт о примирении», однако уже в феврале 1995 г. они были вторично запрещены Синодом РПЦЗ в священнослужении. В мае того же года Лазарь разорвал общение с Валентином (Русанцовым) и обратился к руководству Зарубежной церкви с прошением о пересмотре его дела. В декабре 1995 г. Синод РПЦЗ разрешил Лазарю совершать богослужения в Одессе, но временно оставил в силе запрет на административное управление епархией. С начала 1996 г. происходило противостояние между Лазарем и находившимся в Одессе Симферопольским епископом РПЦЗ Агафангелом (Пашковским). В сентябре 1996 г. архиерейский Собор РПЦЗ постановил определить решение по Лазарю на российском епископском совещании. В октябре того же года архиерейское совещание российских преосвященных РПЦЗ восстановило Лазаря в правах правящего архиерея Одесской и Тамбовской епархии и избрало своим председателем. С начала 2001 г. Лазарь выступал с резкой критикой Синода РПЦЗ за курс на сближение с Московским патриархатом. Отказался признать решения архиерейского Собора РПЦЗ, который избрал 24 октября 2001 г. первоиерархом митрополита Лавра (Шкурлу). Формально поддерживал претензии бывшего первоиерарха митрополита Витилия (Устинова) на руководство Зарубежной церковью, однако вступил в конфликт с его окружением. В июле 2003 г. Лазарь отказался считать сложившуюся вокруг митрополита Виталия (Устинова) структуру правопреемником архиерейского Синода РПЦЗ. В связи с этим было объявлено о полной независимости РИПЦ и о преобразовании архиерейского совещания российских преосвященных в архиерейский синод под председательством Лазаря. Возглавляемая им неканоническая церковная организация объединяла до 40–50 общин в России, на Украине, в Белоруссии и Казахстане, из них только около десятка располагали собственными храмами. Позднее к РИПЦ присоединилось несколько приходов в Северной Америке и Западной Европе, отделившихся от РПЦЗ. Незадолго до смерти Лазарь принял схиму с оставлением прежнего имени, похоронен на территории скита в селе Великий Дальник.