В.М. Карлович выступал за утверждение в России веротерпимости и свободы совести, против преследования инаковерующих; выдвинул идею нравственной ответственности российского монарха за события в конфессиональной сфере, в частности, за разрешение «старообрядческого вопроса», на широком общественном обсуждении которого В.М. Карлович настаивал. В 1883 г., когда В.М. Карлович находился за границей, Министерство внутренних дел распорядилось выслать его из России. Ничего не зная о распоряжении, В.М. Карлович с двумя дочерьми приехал в Россию, был арестован и около полугода провёл в заключении, его дети содержались в детском тюремном отделении. В.М. Карлович получил свободу с условием отъезда из страны. Раньше, находясь в Москве, В.М. Карлович в связи с полемикой вокруг «Окружного послания» написал «Критический разбор “Окружного послания” и все оттенки направления самого автора его» (Черновцы, 1889 г.). Дав поверхностный анализ документа, он выступил с противоокружнических позиций и обвинил автора «Окружного послания» Илариона Георгиевича Кабанова (Ксеноса) в попытке сблизить старообрядчество с единоверием. В 1894 г. в Черновицах В.М. Карлович выпустил брошюру «Апология Савватия, старообрядческого архиепископа Московского» с опровержением публикаций Сергея Фёдоровича Рыскина и Николая Ивановича Субботина, направленных против главы белокриницкого согласия. После 1905 г. В.М. Карлович получил возможность вернуться в Россию, запрет на его сочинения был снят. Писатель жил в Сущёвской части в Москве, на годичном собрании московской Тверской общины 7 февраля 1908 г. был принят в число её членов. В 1907 г. в Москве вышел его «Краткий обзор преследования христиан первых веков в тесной связи с печальной судьбой старообрядцев», не содержавший нового материала. В последние годы жизни материальное положение В.М. Карловича было бедственным, он неоднократно обращался в совет Московской старообрядческой общины Рогожского кладбища за денежным пособием. В архиве Рогожского кладбища сохранилось благодарственное письмо В.М. Карловича от 5 апреля 1910 г. за вспомоществование в 50 руб. (Российская государственная библиотека). В сентябре 1910 г. В.М. Карлович направил прошение старообрядческому Московскому архиепископу Иоанну (Картушину), напоминая архиерею об обещании ходатайствовать перед попечителями Рогожского кладбища о выдаче В.М. Карловичу ежемесячного пособия ввиду «крайне печальных обстоятельств», в которых В.М. Карлович находился. Архиепископ наложил на письме резолюцию: «Выборным Рогожского кладбища. Следует помесячно помогать, и не скупо». В конторе Рогожской общины на документе сделали приписку: «Справка. В апреле 1910 г. собрано в пользу В. М. Карловича 118 р. Выдано ему из оных 50 р., и осталось по его счету за конторой общины Рогожского кладбища 68 р.». В.М. Карлович участвовал во втором съезде членов союза старообрядческих начетчиков, который прошёл 29 июля – 6 августа 1907 г. в Нижнем Новгороде. В.М. Карлович был похоронен на Рогожском кладбище, могила не сохранилась. Память писателя почтили на годовом собрании Тверской общины 17 февраля 1913 г. (Центральный государственный исторический архив Москвы).