Вначале управляющим приходами Тарнопольского округа был назначен архидиакон Луцкой кафедры Антоний Бучинский, а 21 октября 1811 г. Григорий Коханович ликвидировал консисторию в Теребовле и учредил по образцу других униатских церковно-административных единиц Тарнопольское уездное духовное правление, которое возглавил кафедральный советник Луцкой униатской епархии священник Григорий Ганкевич. Григорий Коханович пытался ограничить влияние Ордена василиан, инициировав в 1810 г. решение Греко-униатской духовной коллегии в Санкт-Петербурге о запрете принимать в василианский Орден шляхтичей-католиков латинского обряда. Тем не менее, попытки Полоцкого епископа Иоанна Красовского добиться от Сената полного запрета на приём в Орден василиан католиков латинского обряда встретили в 1811 г. противодействие со стороны Григория Кохановича, который опасался, что подобный запрет приведёт к упадку василианских школ, где значительную часть преподавателей составляли выходцы из католиков латинского обряда. При этом Григорий Коханович выступал против попыток латинизации василианских монастырей и василианских школ. Конфликт между Григорием Кохановичем и руководством Ордена василиан проявился в 1812 г. После захвата Литвы войсками Наполеона в Вильне был образован самозваный «Духовный комитет» из василиан и представителей католического латинского духовенства, выступивший с требованием низложить Григория Кохановича с Виленской кафедры в связи с тем, что он, не будучи монахом, в управлении епархией оказывал предпочтение секулярному (белому) духовенству перед монашествующими. В последние годы жизни Григория Кохановича обострился конфликт с руководством Волынской (Кременецкой) польской гимназии, на содержание которой в 1805 г. под давлением графа Тадеуша Чацкого и Луцкого епископа-номинанта Флориана Корсака крупнейшие униатские монастыри Волыни (Жидичинский и Милецкий) обязались выплачивать большие суммы, но не смогли платить взносы полностью и накопили огромные долги. Григорий Коханович пытался отказаться от этих разорительных для Луцкой епархии обязательств, но конфликт так и не был полностью урегулирован, т.к. со смертью униатского митрополита Волынская гимназия предъявила претензии на всё его наследство для погашения задолженности монастырей Луцкой епархии. Незадолго до смерти, 20 марта 1814 г., Григорий Коханович составил завещание и письмо императору Александру I с просьбой после его кончины передать обязанности митрополита епископу Иоанну Красовскому, а новым Луцким епископом назначить Якова Мартусевича, тем самым вновь оказав предпочтение представителям секулярного духовенства. Это вызвало недовольство руководства Ордена василиан, которые пытались оспорить подлинность завещания Григория Кохановича.