В январе 1675 г. приехавший в Тобольск стольник Алексей Петрович Салтыков в соборной церкви произнёс Корнилию царское «милостивое жалованное и призрительное слово». По этому случаю состоялся молебен о царском многолетном здравии («Полное собрание русских летописей», том 36). О хозяйственной деятельности Корнилия сохранилось мало свидетельств. В середине 1660 гг. в Тобольском уезде активно шли поиски «государевой прибыли» за счёт выделения десятинной пашни, переписки ясачных людей, переоброчки и т.п. По мнению Александра Александровича Преображенского, в рамках этих мероприятий Корнилий должен был отказаться от пашенной земли архиерейского дома под Тобольском, получив «обещание земельных пожалований в других местах». Вскоре после смерти Корнилия царю было подано челобитье «Тобольских, Тюменских юртовских служилых и захребетных и ясачных Татаровя, да Верхотурские и Верхотурского уезду пашенных и оброчных крестьян» о том, что ещё в 1665/1666 г. их старинные вотчинные рыбные ловли были без царского указа отданы из приказной избы на оброк Корнилию. Челобитчики сетовали, что у многих иноземцев и русских людей земли и угодья, где «ловят всякого зверя, бобры и выдры, и хмель и орловые гнёзда» в разных местах, были захвачены слободчиком, который призывал к себе на помощь архиерейского сына боярского Якова Бязева с товарищами, «насильством» сгоняя людей с земли. Так же поступали и власти верхотурского Никольского, Невьянского и других монастырей. На основании царского указа были пересмотрены старые грамоты и переписные книги и дачи. Особо при этом отмечалось, что «звериных угодий и промыслов архиепископом и Корнилию митрополиту и в монастыри, по нашему великого государя указу, нигде не давано и ныне не дают» («Акты исторические, том 5; «Дополнения к Актам историческим», том 8). Расследование в Якутском уезде было произведено в августе-сентябре 1679 г., оно показало, что никаких владений за Корнилием в городе и уезде не числится, и лишь на посаде стоит Спасский монастырь, основанный в 1663/1664 г. по грамоте архиепископа Симеона. Однако и этот монастырь невелик (восемь старцев) и беден («Дополнения к Актам историческим», том 8). Доходы архиерейского дома складывались не только из данных и оброчных платежей, но и за счёт жалованья из царской казны. В частности, на 1675/1676 г. из Москвы Корнилий получил жалованья 370 руб. 31 алтын и полчетверти деньги («Дополнения к Актам историческим», том 7). Архиерейское служение в столь обширном и отдалённом регионе, как Сибирь, было невозможным без взаимодействия духовных и светских властей. О последнем свидетельствует записка Корнилия от 2 февраля 1673 г. Енисейскому воеводе Кириллу Аристарховичу Яковлеву о борьбе с расколом. В ней Корнилий сообщает, что в Енисейском остроге распространились «расколы и мятежи» и всяких чинов люди «игумену, и протопопу и священником божественные службы служить не велят». Корнилий просит воеводу «способствовать» духовным лицам в церковной службе и раскольников унять подобно тому, «как в Московском государстве церковным раскольником указ чинят». Отписке, отправленной в адрес воеводы, предшествовала и челобитная от Корнилия на царское имя («Дополнения к Актам историческим», том 6).