Серьёзные проблемы для Коптской церкви создавали отношения с зависевшими от неё монофизитскими церквами Нубии и Эфиопии. В 651 г., после пограничного столкновения арабов с нубийским царством Нобатия, было заключено соглашение об уплате нубийцами ежегодной дани в обмен на предоставление им статуса зиммиев на территории Египта. Арабские власти периодически использовали коптских патриархов для воздействия на монофизитские царства Северо-Восточной Африки, однако самостоятельная активность патриархов на этом направлении вызывала у мусульман серьёзные подозрения. Когда патриарх Исаак попытался своим посланием примирить враждующие нубийское царство Макурра и Эфиопию, его враги донесли арабским властям, что патриарх готовит антимусульманский альянс африканских христиан. Исаак предстал перед наместником и с трудом сумел оправдаться. Патриарх Симон I заявил прибывшему в Египет эфиопскому посольству, что не может поставить нового митрополита Эфиопской церкви без разрешения арабского эмира, наместника Египта, и посоветовал обратиться напрямую к нему. Патриарх Вениамин I и его преемники активно обновляли и строили церкви. Одним из крупнейших архитектурных проектов было восстановление кафедрального собора святого Марка, сгоревшего во время боя византийцев с арабами за Александрию. Работы начались при Вениамине и были завершены при Иоанне III, в 680 гг. Вениамин был тесно связан с монахами Келлий (Эль-Муна) и Скита (Вади-Хабиб, Вади-эн-Натрун). В этих обителях он в своё время скрывался от преследований Кира, а вернувшись к власти, много внимания уделял восстановлению монастырей Скита. Большинство патриархов с середины VIII в. до середины XI в. происходили из братии монастыря святого Макария (Дейр-Абу-Макар). Наиболее известными представителями коптского монашества VII в. были скитский игумен Иоанн, который в середине столетия восстановил монастырь святого Макария, разорённый в период персидского владычества, и Самуил Каламунский, настоятель монастыря Каламун в Файюме. Паломническим центром Египта оставался город Абу-Мина с гробницей великомученика Мины в Мареотиде, в 45 км к юго-западу от Александрии, в византийское время привлекавший богомольцев со всего Средиземноморья. Храмовый комплекс сильно пострадал от персов в 619 г., но был восстановлен в VIII в. Патриарху Иоанну III приписывается Энкомий святому Мине, составленный, как полагают  исследователи, во утверждение монофизитских претензий на обладание святыней, когда правителем Мареотиды был православный, и для привлечения паломников, важного источника доходов патриархии. Наряду с этим развивался итинерарий, связанный с пребыванием Святого Семейства в Египте (см. ст. «Бегство в Египет»). Эволюция этого процесса исследователям неясна, но Гермополь (Эль-Ашмунейн) идентифицировался как местопребывание Святого Семейства уже в конце IV в. Со временем число мест поклонения росло, примером чего может служить сохранившаяся в арабском переводе «Гомилия о пришествии Святого Семейства в Египет» Захарии, епископа города Саха (копт. Схоу; конец VII в.). В ней упоминается разветвлённая география путешествий, включая Дельту, Вади-Хабиб, Бабальюн, – таким образом культивировался образ Египта как Святой земли. Египетская «сакральная география», сеть церквей, гробниц и монастырей, в течение столетий была опорой коптской идентичности в условиях иноверного владычества.